离职后三个月才结清工资是不合法的行为。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律规定
《中华人民共和国劳动合同法》第五十条：明确规定用人单位在解除或终止劳动合同时，应出具相关证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。同时，在办结工作交接时，用人单位应当支付经济补偿（如适用）并结清劳动者的工资。这一条款强调了工资结算的及时性，即应在解除或终止劳动合同时进行。
《工资支付暂行规定》第九条：也明确指出，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这是为了保障劳动者在离职后能够及时获得其应得的劳动报酬，避免拖欠工资的情况发生。
二、工资结算的基本原则
正常情况下，若劳动者按照正常程序离职（如提前三十日以书面形式通知用人单位，试用期内提前三日通知），用人单位应当在解除或者终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。这是为了保障劳动者能够及时获得应得的劳动报酬，避免因工资拖欠而引发的纠纷。
三、特殊情况的处理
虽然一般情况下离职后应尽快支付工资，但也存在一些特殊情况可能导致工资延迟发放，例如：
财务结算流程：某些公司的财务结算流程可能较长，导致工资发放有所延迟。然而，这并不意味着用人单位可以无限期地拖延工资支付。在这种情况下，用人单位应与劳动者进行协商，明确工资支付的具体时间，并确保在合理期限内支付。
双方协商：在某些情况下，用人单位和劳动者可能会就工资支付时间进行协商并达成一致。但这种协商必须基于双方自愿，且不能违反法律法规的规定。如果协商结果违反了法律法规的强制性规定，那么该协商结果是无效的。
但无论如何，离职后三个月才结清工资都超出了合理期限，属于违法行为。
四、劳动者的维权途径
若用人单位违反规定，未按时结算工资，劳动者可以通过以下途径维护自己的合法权益：
与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行友好协商，要求其按时支付工资。这是最直接、最快捷的解决方式。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权责令用人单位限期支付工资，并可能要求用人单位支付相应的经济补偿。
申请劳动仲裁：劳动者还可以选择向当地的人力资源社会保障局劳动人事争议仲裁委员会申请劳动仲裁。通过仲裁程序，劳动者可以要求用人单位支付工资及可能产生的经济补偿等。仲裁裁决具有法律效力，必须履行。
提起诉讼：对仲裁结果不服的，劳动者可以向人民法院提起诉讼。通过司法途径，劳动者可以进一步维护自己的合法权益。
总结来说，离职后三个月才结清工资是不合法的行为。用人单位应遵循相关法律法规和地区规定，确保在合理期限内结清劳动者工资。劳动者在遭遇拖欠工资时，应积极采取措施，通过合法途径维护自己的权益。如果您在工资结算方面遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。