合作社章程中成员户代表的通过方式是否合法，需结合具体情况判断，关键在于是否符合法定程序和合作社章程规定。以下从不同角度展开分析：

1. 法定程序要求
   根据《中华人民共和国农民专业合作社法》第二十二条，合作社章程的制定和修改需由成员大会表决通过，且表决权比例需达到法定标准（通常为三分之二以上成员同意）。若成员户代表的选举或任命程序符合章程约定（如通过民主投票、差额选举等方式产生），且表决过程公开透明，则具有合法性。

2. 章程自治原则
   合作社章程是成员共同约定的“内部宪法”，若章程明确规定成员户代表的产生方式（如按地域、行业或出资比例分配代表名额），且该规定不违反法律强制性规定（如不得剥夺成员表决权），则通过程序合法。例如，章程约定“每5户推选1名代表”，成员按此规则选举，即属合法。

3. 潜在违法情形

   • 程序瑕疵：若成员户代表未经成员大会选举，而是由理事会或少数人直接指定，可能违反民主管理原则，导致代表资格无效。
     
   • 内容违法：若章程规定“成员户代表无需成员大会表决即可直接通过章程”，此条款因剥夺成员表决权而无效，相关通过程序亦不合法。
     
   • 代表资格问题：若代表非合作社成员（如外部人员），或成员户存在虚假登记（如“空壳户”），可能影响代表合法性。

4. 实务建议

   • 审查章程：核对合作社章程中关于成员户代表的产生方式、表决程序等条款，确保与《农民专业合作社法》一致。
     
   • 留存证据：保存选举会议记录、投票结果、成员签字等文件，以证明程序合法性。
     
   • 及时修正：若发现程序瑕疵，应尽快召开成员大会重新表决，避免后续纠纷。

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