根据刑法第213条及相关司法解释，违法所得的处理方式主要包括追缴、退赔与没收，具体分以下情况说明：

1. 追缴违法所得
   若违法所得（如通过假冒注册商标行为非法获取的财物）仍存在且未被转移，司法机关会依法追缴，直接返还给权利人或上缴国库。例如，犯罪嫌疑人通过销售假冒商品获利10万元，若该款项未被挥霍，法院会判决追缴并返还给被侵权企业。

2. 责令退赔
   若违法所得已被挥霍或无法追回（如用于偿还个人债务、消费等），法院会责令犯罪嫌疑人向权利人退赔等值金额。例如，犯罪嫌疑人将违法所得5万元用于赌博，法院会判决其退赔5万元给被侵权方。

3. 没收违法所得
   若违法所得与犯罪行为直接相关（如用于制造假冒商品的工具、设备等），且属于犯罪嫌疑人个人财产，法院会依法没收并上缴国库。例如，犯罪嫌疑人使用自有机器生产假冒产品，该机器可能被认定为违法所得的衍生财物而予以没收。

补充说明：

• 处理顺序：司法实践中通常优先追缴、退赔，不足部分再通过其他财产执行；若违法所得已灭失，退赔义务不因犯罪嫌疑人经济状况恶化而免除。
  
• 与罚金的关系：违法所得的处理独立于罚金（刑法第213条可并处或单处罚金），即使违法所得被追缴或退赔，犯罪嫌疑人仍可能被判处罚金。
  

如有具体案件细节（如违法所得金额、去向等），可进一步向我咨询，我会结合证据规则和司法实践为您分析处理方案。