在刑事案件中，确定由哪个检察院负责主要依据犯罪地的管辖原则和级别管辖原则，具体如下：

1. 犯罪地管辖原则
   根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十五条，刑事案件一般由犯罪地的人民检察院管辖。这里的“犯罪地”包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。例如，若犯罪行为在A地实施，但犯罪结果（如被害人死亡、财产损失）发生在B地，则A地和B地的人民检察院均可能有管辖权。实践中，通常以犯罪行为实施地为主。

2. 级别管辖原则
   检察院的级别管辖与法院的级别管辖对应，主要根据案件的严重程度、社会影响等因素确定：

   • 基层人民检察院：管辖绝大多数普通刑事案件（如盗窃、故意伤害等）。
     
   • 分、州、市级人民检察院：管辖可能判处无期徒刑、死刑的案件，或辖区内有重大影响的案件（如跨区域犯罪、集团犯罪）。
     
   • 省级人民检察院：管辖全省（自治区、直辖市）范围内有重大影响的案件，或最高人民检察院指定管辖的案件。
     
   • 最高人民检察院：管辖全国有重大影响的案件，或认为应当由自己直接受理的案件。

3. 特殊情况下的管辖调整

   • 指定管辖：若存在管辖争议（如多个检察院均认为有权管辖），或案件涉及特殊利益（如地方保护主义），可由共同上级检察院指定某一检察院管辖。
     
   • 并案管辖：对一人犯数罪、共同犯罪等案件，若相关犯罪属于不同检察院管辖，可由主要犯罪地检察院管辖，或由上级检察院指定管辖。
     
   • 专门检察院管辖：如军事检察院、铁路运输检察院等，对特定领域的刑事案件有专属管辖权（如军人犯罪、铁路系统犯罪）。

总结：刑事案件的管辖检察院通常由犯罪地和案件级别共同决定，实践中以犯罪行为实施地的基层检察院为主。若存在管辖争议或特殊情形，可能通过指定管辖或并案管辖调整。如有具体案件需进一步分析，可直接向我咨询。