在侵犯商业秘密案件中，对于生产出来的产品的处理，需结合案件具体情况、法律规定及司法实践综合判断，核心处理方式包括以下几种，需根据不同情形选择适用：

1. 若产品被认定为侵权产物，通常会被责令停止生产、销售，并可能被销毁或没收

• 法律依据：根据《反不正当竞争法》第二十一条，经营者以及其他自然人、法人和非法人组织侵犯商业秘密的，由监督检查部门责令停止违法行为，没收违法所得，并可能处以罚款；情节严重的，可能涉及刑事责任（《刑法》第二百一十九条）。
• 司法实践：在民事侵权案件中，法院可能判决侵权方停止生产、销售侵权产品，并销毁已生产的产品（包括模具、专用设备等）；在行政查处或刑事案件中，市场监管部门或公安机关可能直接没收侵权产品。
• 例外情形：若产品可与商业秘密分离（如产品本身不侵权，仅生产过程涉及侵权），可能仅需销毁涉及商业秘密的部分（如技术图纸、配方等），而非全部产品。

2. 若产品已进入市场流通，可能需采取召回、赔偿等补救措施

• 召回义务：若侵权产品已销售且可能对消费者或公共利益造成损害（如涉及食品安全、药品安全等），侵权方可能需承担召回义务，并承担召回费用。
• 赔偿损失：根据《民法典》第一千一百八十五条，侵权方需赔偿权利人因侵权遭受的损失，包括直接损失（如研发成本、市场份额减少）和间接损失（如商誉损害）。若产品已销售，赔偿范围可能包括侵权产品的销售利润。

3. 若产品不构成侵权或侵权情节轻微，可能仅需停止使用商业秘密

• 不侵权的情形：若侵权方能证明其生产过程未使用权利人的商业秘密（如通过独立研发、反向工程等合法途径获得技术），或产品本身不涉及商业秘密（如通用技术、公开信息），则产品可能不被认定为侵权产物。
• 轻微侵权的处理：若侵权情节轻微（如未造成严重损失、侵权方主动停止侵权），法院或行政机关可能仅责令停止使用商业秘密，而不销毁或没收产品。

4. 特殊情形：产品涉及第三方权益时的处理

• 善意第三人：若产品已由侵权方销售给第三方，且第三方不知情（善意取得），权利人可能无法直接要求销毁产品，但可要求侵权方赔偿损失。
• 抵押或质押：若产品已设定抵押或质押，处理时需兼顾权利人、抵押权人/质权人的利益，可能通过协商或司法程序确定处理方式。

实务建议：

1. 立即停止侵权行为：若涉嫌侵犯商业秘密，应第一时间停止生产、销售相关产品，避免损失扩大。
2. 固定证据：保留生产记录、销售合同、财务凭证等，以证明产品来源、成本及销售情况，为后续争议解决提供依据。
3. 协商或诉讼：根据案件情况，可选择与权利人协商赔偿或通过法律途径解决争议。若涉及刑事犯罪，需配合公安机关调查。

如有具体案件或产品情况，可进一步向我咨询，我会结合细节提供更精准的分析。