农业领域的招投标案件由农业部门办理的法律依据主要来源于《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例，结合农业行业特点，由农业部门在其职责范围内进行监管和处理。具体分析如下：

1. 《中华人民共和国招标投标法》的授权
   根据《招标投标法》第七条，对招标投标活动的行政监督及有关部门的具体职权划分，由国务院规定。这为农业部门参与招投标监管提供了法律授权基础。实践中，国务院通过部门分工文件（如“三定方案”）明确农业部门在农业项目招投标中的监管职责，例如对农田建设、农业科技推广等项目的招投标活动进行监督。

2. 农业行业专项法规的细化规定
   农业领域招投标案件的特殊性在于其涉及农业项目性质、资金来源（如中央财政资金）及行业技术标准。例如：

   • 《农业基本建设项目招标投标管理规定》明确，农业部门负责农业基本建设项目招投标的监督管理；
     
   • 《政府采购法》及实施条例中，若农业项目属于政府采购范畴（如使用财政性资金采购货物、工程或服务），则由财政部门与农业部门按职责分工共同监管，其中农业部门侧重技术标准、行业规范的审查。

3. 农业部门职责的延伸
   农业部门在招投标案件中的角色不仅限于“办理”，还包括事前预防、事中监督及事后处理：

   • 事前：制定农业项目招投标范本、审核投标人资质（如农业企业资质、种子经营许可证等）；
     
   • 事中：监督开标、评标过程是否符合农业行业规范（如土壤改良项目需符合《土壤环境质量标准》）；
     
   • 事后：调查处理围标串标、虚假投标等违法行为，涉及行政处罚的，依法作出警告、罚款、没收违法所得等决定。

4. 例外情形：跨部门协作机制
   若农业领域招投标案件涉及重大工程、跨行业项目或刑事犯罪（如行贿受贿），则需与其他部门协作：

   • 与发改委、住建部门联合监管大型农业基础设施项目；
     
   • 与公安机关、监察委配合调查招投标中的职务犯罪。

建议：若您具体涉及某类农业招投标案件（如农田建设、政府采购农机等），可进一步提供案件细节（如项目类型、争议焦点），我将结合《招标投标法》《政府采购法》及农业行业法规，为您分析农业部门的监管权限及案件处理流程。