在合同中明确约定定金在最后一批货扣除的条款，可按以下方式撰写：
明确约定定金性质与金额：首先，在合同中应明确约定定金的性质为“定金”，并明确其具体金额。例如：“买方应向卖方支付定金人民币XX元，作为履行本合同的担保。”
约定扣除条件与时间：接着，详细约定定金在最后一批货扣除的条件和时间。例如：“若买方按照合同约定履行全部义务，包括但不限于支付货款、接收货物等，则定金将在最后一批货物交付并验收合格后，从最后一批货物的货款中直接扣除。”
明确扣除方式与计算：进一步明确定金的扣除方式和计算方法。例如：“定金扣除时，将按照实际支付的定金金额，从最后一批货物的总货款中相应抵扣。若定金金额大于最后一批货物的货款，则超出部分应由卖方退还买方；若定金金额小于最后一批货物的货款，则买方需在接收货物时支付剩余货款。”
约定违约责任：为保障双方权益，还应在合同中约定违约责任。例如：“若买方未按照合同约定履行义务，导致合同无法履行或解除的，卖方有权不予退还定金；若卖方未按照合同约定交付货物或交付的货物不符合质量要求的，应双倍返还定金给买方。”
其他条款：根据实际情况，还可以在合同中约定其他相关条款，如争议解决方式、合同变更与解除条件等。
示例条款：
“买方应向卖方支付定金人民币XX元，作为履行本合同的担保。若买方按照合同约定履行全部义务，包括但不限于支付货款、接收货物等，则定金将在最后一批货物交付并验收合格后，从最后一批货物的货款中直接扣除。定金扣除时，将按照实际支付的定金金额，从最后一批货物的总货款中相应抵扣。若定金金额大于最后一批货物的货款，则超出部分应由卖方退还买方；若定金金额小于最后一批货物的货款，则买方需在接收货物时支付剩余货款。若买方未按照合同约定履行义务，导致合同无法履行或解除的，卖方有权不予退还定金；若卖方未按照合同约定交付货物或交付的货物不符合质量要求的，应双倍返还定金给买方。”
在撰写合同时，务必确保条款内容清晰、明确，避免出现歧义或模糊不清的情况。如有需要，可咨询专业律师进行审查和修改。