关于“不是本人签字的工商登记是否有效”这一问题，这确实是一个涉及法律程序和权益保护的重要问题。首先，我们需要明确的是，工商登记资料上的签字应当是本人真实意思的表示，非本人签字的工商登记在法律上可能存在效力瑕疵。
一、非本人签字工商登记的两种可能性
冒名登记：
- 冒名登记是指行为人未经他人同意，擅自使用他人名义进行工商登记的行为。
- 在冒名登记的情况下，被冒名者完全不知情，也没有任何授权或同意的意思表示。
- 如果能够证明是冒名登记，那么被冒名者通常不需要承担由此产生的法律责任。
借名登记：
- 借名登记是指行为人经过他人同意，使用他人名义进行工商登记，但实际权利义务由行为人承担的行为。
- 在借名登记的情况下，被借名者是知情并同意的，可能出于某种原因（如规避法律限制、隐藏真实身份等）而允许行为人使用其名义。
- 如果被认定为借名登记，那么被借名者可能需要承担由此产生的法律责任，尽管实际权利义务可能由行为人承担。
二、非本人签字工商登记的效力判断
行政机关的初步审查：
- 工商行政管理部门在受理工商登记申请时，会对申请材料进行形式审查。
- 如果发现签字非本人所签，行政机关可能会要求申请人提供进一步的证明材料或进行笔迹鉴定。
- 在某些情况下，行政机关可能会基于初步审查结果撤销或变更工商登记。
司法机关的最终判断：
- 行政机关的撤销或变更决定并不具有终局性，当事人仍然可以通过司法途径寻求救济。
- 司法机关在审理相关案件时，会综合考虑多种因素（如身份证件是否被盗用、被冒名者与公司及相关人员的身份关系和利益牵连等）来判断到底是“借名”还是“冒名”。
- 司法机关的判断具有终局性，其判决结果对当事人具有法律约束力。
三、实际案例与法律后果
- 以您提供的案例为例，余某称其身份信息被盗用用于工商登记，但法院经审理认为现有证据尚不足以证明余某被冒名登记为A公司股东。
- 法院综合考虑了余某出借身份证的行为、其与王某等人的关系、以及其提出异议的时机等因素，最终判决余某需对A公司债务不能清偿部分承担补充赔偿责任。
- 这个案例说明，即使行政机关基于工商登记材料中股东签名系伪造而撤销了股权变更登记，也不能当然得出该股东被冒名登记的结论。司法机关会进行更深入的审查和判断。
四、建议与注意事项
保护个人信息：
- 公民应妥善保管个人身份证件，不随意提供和出借给他人。
- 一旦发现自己身份信息被冒用和盗用，应及时挂失身份证件，并向相关单位反映情况申请撤销登记。
谨慎出借身份证：
- 如果确实需要出借身份证（如帮助朋友处理违章等），应确保了解出借的具体用途和风险，并保留相关证据以备不时之需。
及时寻求法律救济：
- 如果发现自己被冒名登记为股东或其他职务，应及时向工商行政管理部门提出异议并申请撤销登记。
- 如果行政机关的处理结果不满意或存在争议，可以通过司法途径寻求救济。
综上所述，不是本人签字的工商登记在法律上可能存在效力瑕疵，但其最终效力取决于司法机关的判断。因此，在处理此类问题时，建议咨询专业律师以获取更具体和准确的法律建议。