结论：还款日系统没有扣款，逾期一天后手动还款，这种情况是否算逾期，主要取决于贷款合同中的具体约定以及银行的实际操作规则。不过，从一般情况和常规理解来看，即使手动还款，这一天仍可能被视为逾期，但逾期一天通常不会产生严重的法律后果。
分析说明
合同约定优先：
- 贷款合同中通常会明确约定还款方式、还款日以及逾期的定义和处理方式。如果合同中明确规定，只要未在还款日当天系统自动扣款成功，即视为逾期，那么即使你后续手动还款，这一天仍会被视为逾期。
- 反之，如果合同中有特别约定，比如允许在还款日后一定天数内手动还款而不视为逾期，那么你的情况就不算逾期。
银行实际操作规则：
- 除了合同约定外，银行的实际操作规则也会影响逾期的认定。有些银行可能对于系统未扣款的情况有宽容期，允许客户在还款日后的一定时间内手动还款而不记录逾期。
- 但大多数银行会严格按照合同约定来执行，即只要还款日当天系统未扣款成功，就会视为逾期。
逾期的法律后果：
- 逾期一天通常不会产生严重的法律后果，如被起诉或产生高额罚息等。但银行可能会收取一定的逾期费用，如滞纳金或罚息，具体金额和计算方式需参照合同约定。
- 长期逾期或多次逾期则可能影响个人信用记录，进而影响未来的贷款申请、信用卡办理等金融服务。
特殊情况说明
- 系统故障或银行原因：如果系统未扣款是由于银行系统故障或银行方面的原因导致的，你可以及时与银行沟通，提供相关证据（如还款记录、系统故障通知等），要求银行免除逾期费用或调整逾期记录。
- 及时沟通与协商：无论何种情况，及时与银行沟通都是解决问题的关键。你可以向银行说明情况，询问具体的逾期处理方式和费用标准，并尝试协商减免逾期费用或调整还款计划。
建议与行动
- 查阅贷款合同：首先查阅你的贷款合同，了解其中关于还款方式、还款日以及逾期的具体约定。
- 与银行沟通：及时与银行客服或贷款部门联系，说明情况并询问具体的逾期处理方式和费用标准。
- 保留证据：保留好还款记录、系统故障通知等相关证据，以备不时之需。
- 关注信用记录：定期查询个人信用记录，确保没有因逾期而产生的不良记录。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。