关于您提出的“林权证只有林业局职能部门公章而没有县政府的公章是否合法有效”的问题，这确实是一个涉及林权证合法性和有效性的重要问题。以下是我根据相关法律法规和政策，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确林权证的发放流程和相关规定。根据《国家林业局关于进一步加强和规范林权登记发证管理工作的通知》以及其他相关法律法规，林权证的发放是经过严格审查和核准程序的。在这个过程中，林业主管部门（通常是县级林业局）负责受理林权登记申请，并认真审查申请的森林、林木和林地的权属状况。
关键点在于：经过审查符合登记条件的申请，需要报请同级人民政府核准登记，之后才能发放林权证。这意味着，林权证的最终发放是需要得到县级人民政府的核准和盖章的。
现在，针对您提出的问题，如果林权证上只有林业局职能部门的公章而没有县政府的公章，那么从严格意义上来说，这份林权证可能并未完全符合法定的发放程序。因为按照规定，林权证需要经过县级人民政府的核准并盖章后才能生效。
可能的情况和解释：
程序瑕疵：有可能在发放过程中存在程序上的瑕疵或遗漏，导致县政府公章未加盖。这种情况下，林权证的法律效力可能会受到质疑。
特殊情况：在某些特殊情况下，如地方政府有特别规定或授权，林业局可能被允许在特定条件下直接发放林权证而无需县政府再次盖章。但这种情况较为罕见，且需要有明确的法律依据或授权文件。
建议：
核实情况：首先，建议您核实该林权证的具体发放情况和相关程序，确认是否存在程序上的瑕疵或遗漏。
咨询相关部门：如果确认存在程序问题，您可以咨询当地林业主管部门或县级人民政府，了解如何补正程序或重新办理林权证。
法律途径：如果无法通过协商或咨询解决问题，您还可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，林权证只有林业局职能部门公章而没有县政府的公章，在一般情况下可能并不完全符合法定的发放程序。因此，我建议您进一步核实情况并咨询相关部门，以确保您的林权证合法有效。