结论前置：耕地做苗圃育苗树苗是否合法，需根据土地类型、种植目的及是否经过合法审批等因素综合判断。未经批准在永久基本农田或一般耕地上擅自种树通常属于违法行为；而经过政府批准或在特定情况下因地制宜种树则可能合法。
一、违法情况分析
永久基本农田上种树：
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》及《基本农田保护条例》，永久基本农田经依法划定后，任何单位和个人不得擅自占用或改变其用途，包括在永久基本农田内种树、建窑、建房等破坏行为均被严格禁止。
- 法律后果：若违反规定在永久基本农田上种树，相关部门有权责令限期改正或治理，并可处以罚款。如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
未经审批在一般耕地上种树：
- 法律背景：虽然目前对于在一般耕地上种树的具体处罚性规定可能尚不完善，但国家严格控制耕地转为其他农用地，并强调耕地应优先用于粮食和农产品生产。
- 潜在风险：若未经批准在一般耕地上大规模种树，可能导致土地变更调查中耕地被转为林地，从而违反耕地保护原则，面临责令限期改正、罚款等行政处罚。
二、合法情况分析
经过政府批准在耕地上种树：
- 合法性依据：若因农业产业结构调整、生态环境保护等特殊需要，在耕地上种树前已获得政府相关部门的批准，并办理了合法手续，则该行为合法。例如，在符合国土空间规划、落实耕地“进出平衡”要求的前提下，经依法依规批准后，可以在部分一般耕地上适度发展林果业。
- “进出平衡”解释：指的是将耕地转为其他农用地时，应通过整治其他农用地为耕地等方式，补足同等数量、质量的可以长期稳定利用的耕地。
因地制宜种树：
- 适用条件：在林地或一般耕地上，根据当地自然条件和生态环境需求，适当栽种树木以防范风沙、保持水土等。
- 注意事项：种植过程中不得破坏耕地的耕作层，也不得影响粮食生产。若种植的是符合政策规定的树种，如用于防风固沙、环境保护等特定目的的林木，即使在某些类型的耕地上也可能被允许。
三、建议与指导
- 明确土地类型与用途：在决定是否在耕地上做苗圃育苗树苗前，务必查清土地的具体类型和用途，确保符合相关法律法规和政策要求。
- 办理合法审批手续：如需改变耕地用途进行种树，应提前向相关部门申请并获得合法的用地审批手续。这包括了解当地的国土空间规划、耕地保护政策等，确保种树行为符合规划要求。
- 积极响应政策号召：农民应积极响应国家关于耕地保护和粮食生产的政策号召，确保耕地的农业用途不被非法改变。同时，可以关注政府鼓励或允许的生态恢复、绿化造林等项目，参与其中以获取合法收益。
综上所述，耕地做苗圃育苗树苗是否合法需综合考虑多种因素。在实际操作中，建议直接向我咨询以获取准确的法律意见和指导，确保行为合法合规。