结论：公司因员工未系安全带而扣除1000元工资的做法，其合法性需根据具体情况判断，但通常这种扣除可能缺乏充分的法律依据，且可能违反相关劳动法规。
分析：
工资扣除的合法性基础：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不得随意扣除劳动者工资。工资扣除通常需要有明确的法律依据或劳动合同中的约定，并且扣除的金额应当合理，不能影响劳动者的基本生活。
- 在本案例中，公司因员工未系安全带而扣除1000元工资，这一行为是否合法，首先取决于公司是否有明确的规章制度规定此类情况下的工资扣除，以及该规章制度是否经过民主程序制定并公示给员工。
安全带与工资扣除的关联性：
- 未系安全带通常属于违反交通安全规定的行为，但这并不直接等同于违反公司规章制度或劳动合同中的约定。除非公司规章制度中明确将此类行为列为可扣除工资的情形，并且该规定与劳动法的原则不相冲突。
- 即使公司规章制度中有相关规定，扣除的金额也应当合理。1000元的扣除对于一般员工来说可能是一个较大的数额，需要评估其是否超出了合理范围。
可能的法律后果：
- 如果公司扣除工资的行为缺乏法律依据或规章制度支持，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还被扣除的工资。
- 公司还可能因违反劳动法规而面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
建议：
- 对于员工：如果公司因你未系安全带而扣除工资，你可以首先查看公司的规章制度和劳动合同中是否有相关规定。如果没有或规定不明确，你可以与公司协商要求返还被扣除的工资。如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司：公司应当制定合法、合理的规章制度，并明确规定工资扣除的情形和金额。在执行规章制度时，应当确保程序的合法性和公正性，避免侵犯员工的合法权益。同时，公司也可以通过培训、宣传等方式提高员工的安全意识，减少类似行为的发生。
额外提醒：
- 无论是在工作场所还是日常生活中，系安全带都是一项重要的安全措施。员工应当自觉遵守交通安全规定，保护自己和他人的安全。
- 公司也应当关注员工的安全教育和管理，通过合理的制度和措施促进员工的安全行为。
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