员工因重大疾病被辞退时，其赔偿权益主要取决于是否处于医疗期内以及辞退的具体原因，以下是详细分析：
医疗期内被辞退
- 情况说明：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。若用人单位在此期间违法辞退员工，则构成违法解除劳动合同。
- 赔偿标准：用人单位需按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。经济补偿的计算方式为：按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。这里的月工资是指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 示例：假设员工在公司工作了5年，月工资为8000元，若在医疗期内被违法辞退，则员工有权获得的经济补偿为：\(8000元/月 \times 5月 \times 2 = 80000元\)。
医疗期满后被辞退
- 情况说明：医疗期满后，若员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可以依法解除劳动合同，但需提前三十日以书面形式通知员工本人或额外支付一个月工资。
- 赔偿与补助：
- 经济补偿金：支付标准与医疗期内被辞退相同，即按员工在本单位工作年限计算。
- 医疗补助费：若解除劳动合同时员工仍然患病，用人单位还需支付不低于六个月工资的医疗补助费。对于患重病和绝症的员工，医疗补助费应适当增加，患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的百分之百。
- 示例：假设员工在公司工作了8年，月工资为10000元，医疗期满后因不能从事原工作被辞退，且员工仍然患病，则员工有权获得的经济补偿为：\(10000元/月 \times 8月 = 80000元\)，同时，员工还有权获得不低于6个月工资的医疗补助费，即\(10000元/月 \times 6月 = 60000元\)，若员工患重病，则医疗补助费至少为\(60000元 + 60000元 \times 50\% = 90000元\)。
面对因重大疾病被辞退的情况，员工可以采取以下措施保护自己的合法权益：
- 收集证据：员工应及时收集并保留好劳动合同、工资条、工作证、诊断证明、病假条、辞退通知等相关证据。
- 协商解决：员工可以尝试与用人单位协商解决，要求支付应有的赔偿金或经济补偿金。
- 法律途径：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
总结来说，员工因重大疾病被辞退时，应充分了解自己的赔偿权益，并根据具体情况采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。