结论：夜间毁地毁青苗是否因政府指令而合法，不能一概而论，需根据具体情况判断政府指令的合法性及执行程序的合规性。以下从多个角度进行分析：

一、政府指令的合法性基础

1. 法律依据：政府指令若涉及毁地毁青苗，通常需基于《土地管理法》、《城乡规划法》、《行政强制法》等法律法规的明确授权。例如，因公共利益需要（如修建基础设施、防洪排涝等）且符合法定程序时，政府可依法征收土地或采取强制措施。

   • 关键点：政府指令必须明确具体、符合法律授权范围，且不得超越法定权限。

2. 程序合规性：即使政府指令合法，执行时也需严格遵守法定程序，如提前通知、听取陈述申辩、公告等。若程序违法（如未履行告知义务、未给予合理补偿），则可能构成行政违法。

   • 案例参考：某地政府因修建公路需占用农田，但未依法发布征收公告或支付补偿款，直接夜间毁苗，被法院判决行政行为违法。

二、夜间毁地毁青苗的特殊性

1. 时间因素：夜间执行可能涉及程序瑕疵。根据《行政强制法》规定，行政机关实施强制措施应尽量减少对当事人权益的损害，夜间执行通常需具备紧急必要性（如防止证据灭失、避免危害扩大等）。若无合理理由，夜间毁苗可能被认定为程序违法。

   • 法律依据：《行政强制法》第四十三条：“行政机关不得在夜间或者法定节假日实施行政强制执行，但是情况紧急的除外。”

2. 青苗保护：青苗作为农民的财产，受《民法典》保护。政府指令若导致青苗毁损，需依法给予补偿。若未补偿或补偿不足，农民可主张行政赔偿或民事赔偿。

   • 补偿标准：通常参照当地征地补偿标准，包括青苗补偿费、土地补偿费等。

三、可能涉及的法律责任

1. 行政责任：若政府指令违法或程序瑕疵，相关行政机关可能被确认行政行为违法，需承担撤销、重作或赔偿等责任。

   • 救济途径：农民可申请行政复议或提起行政诉讼，要求确认政府行为违法并赔偿损失。

2. 刑事责任：若政府工作人员在执行过程中滥用职权、玩忽职守或故意毁坏财物，可能构成《刑法》中的滥用职权罪、玩忽职守罪或故意毁坏财物罪。

   • 立案标准：需达到“情节严重”或“造成重大损失”等程度，具体由司法机关认定。

四、建议与行动指南

1. 核实政府指令合法性：

   • 要求政府出示书面指令文件，明确法律依据、执行程序及补偿方案。
   • 查询相关法律法规，确认政府行为是否超越权限或违反程序。

2. 保留证据：

   • 对毁地毁青苗现场进行拍照、录像，固定证据。
   • 保存与政府沟通的记录（如通知、公告、补偿协议等）。

3. 法律救济：

   • 若认为政府行为违法，可先向上一级行政机关申请行政复议。
   • 对复议结果不服的，可在法定期限内提起行政诉讼。
   • 若因政府行为遭受损失，可同时主张行政赔偿或民事赔偿。

总结：夜间毁地毁青苗是否合法，需结合政府指令的法律依据、程序合规性及执行必要性综合判断。若政府行为违法或程序瑕疵，农民有权通过法律途径维护自身权益。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细法律分析。