针对您提出的“怎么申请13年案件不起诉”的问题，首先需要明确的是，申请不起诉的具体流程和条件会依据案件的性质、相关法律规定以及案件的具体情况而有所不同。而且，由于您提到的是“13年案件”，这通常意味着案件已经有一定的历史，可能还涉及到诉讼时效、证据保存等问题，因此我会尽量结合一般性的法律原则和流程来为您进行解答。
一、了解不起诉的适用条件
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，人民检察院作出不起诉决定主要有以下几种情形：
法定不起诉：包括犯罪嫌疑人没有犯罪事实、情节显著轻微不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限等七种情形。
酌定不起诉：对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。这通常涉及犯罪嫌疑人的个人情况、犯罪情节、悔罪表现等因素。
证据不足不起诉：即存疑不起诉，指案件经过补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的情况下所作出的不起诉决定。
附条件不起诉：这主要适用于未成年人，且需要满足一定的条件，如涉嫌的犯罪类型、可能判处的刑罚、悔罪表现等。
二、分析13年案件的具体情况
对于您提到的13年案件，首先需要确认的是：
三、申请不起诉的流程
如果您认为案件符合不起诉的适用条件，可以按照以下流程申请：
咨询律师：首先，建议您咨询专业的刑事律师，了解案件的具体情况和不起诉的适用性。
准备材料：根据律师的建议，准备相关的申请材料，包括但不限于案件的基本情况、不起诉的法律依据、证据材料等。
向人民检察院提交申请：将准备好的申请材料提交给负责审查起诉的人民检察院，并说明申请不起诉的理由和依据。
等待审查结果：人民检察院将对您的申请进行审查，并根据案件的具体情况和法律规定作出是否不起诉的决定。
四、注意事项
诉讼时效问题：如果案件已经过了诉讼时效，那么根据法律规定，人民检察院应当作出不起诉决定。但需要注意的是，不同罪名的诉讼时效可能不同，且存在中断、延长等情形。
证据保存问题：由于案件已经过去13年，相关证据可能已经灭失或难以收集。因此，在申请不起诉时，需要特别关注证据的保存和收集情况。
法律程序问题：申请不起诉需要遵循一定的法律程序，包括提交申请、等待审查、接受决定等。建议您在申请过程中保持与人民检察院的沟通，及时了解案件的进展情况。
最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都是独特的，因此申请不起诉的成功与否会受到多种因素的影响。如果您对案件的具体情况或法律程序有任何疑问，建议您咨询专业的刑事律师以获取更详细和准确的解答。