结论前置：信用卡逾期两个月后协议还款还清了，仍然会对征信产生一定影响，但具体影响程度取决于逾期情况及后续信用行为。不过，通过良好的信用行为，可以逐渐改善征信记录。以下是对此问题的详细分析：
一、逾期记录对征信的具体影响
逾期记录的上报：
- 信用卡逾期两个月，已经远超了多数银行提供的还款宽限期（通常为1-3天）。因此，银行大概率已将逾期信息上报至央行征信系统。
- 逾期记录一旦上报，将在个人信用报告中保留五年，对个人信用产生负面影响。
影响程度与逾期时间的关系：
- 逾期时间较短（如不超过30天）且及时还款的，银行可能认定为非恶意逾期，对征信影响较小。但逾期两个月已属于较长时间逾期，对征信的影响会相对显著。
- 逾期记录会导致个人信用评分下降，影响未来申请贷款、信用卡等金融产品的审批，甚至可能面临更严格的审查条件，如提高利率、降低额度等。
特殊情况下的处理：
- 如果逾期并非持卡人本人原因造成（如银行系统故障、信用卡被盗刷等），持卡人可以向银行提出异议申请，并提供相关证明材料。银行核实后，如果确认是非持卡人本人原因导致的逾期，会向征信机构提交更正申请，有可能从征信报告中删除该逾期记录。
二、逾期记录消除与信用修复
逾期记录的保留期限：
- 逾期记录自还清之日起在征信报告中保存五年。但只要在此期间保持良好信用记录，逾期记录不会影响后续的贷款或信用卡申请。
信用修复的建议：
- 按时还款：确保未来所有信用卡和贷款都按时还款，避免再次产生逾期记录。
- 合理使用信用卡：保持信用卡的活跃度，但避免过度透支和频繁申请新卡。
- 定期查询征信报告：了解自己的信用状况，及时发现并纠正可能存在的错误或遗漏。
三、应对建议与总结
尽快还款并协商：
- 既然已经逾期两个月并还清了欠款，建议与银行确认逾期记录是否已上报征信系统，并了解银行对于此类情况的具体处理政策。
- 如果可能的话，可以尝试与银行协商，看是否能够出具非恶意逾期证明或其他有助于减轻征信影响的材料。
重视信用维护：
- 信用是现代社会经济活动的重要基础，应时刻关注并维护个人信用记录。
- 避免不必要的逾期行为，确保良好的信用状况，以便在未来申请金融产品时能够顺利获得审批。
总结：信用卡逾期两个月后协议还款还清了，仍然会对征信产生一定影响。但通过按时还款、合理使用信用卡等良好信用行为，可以逐渐改善征信记录。如果逾期并非本人原因造成，应及时向银行提出异议申请以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。