结论：网贷协商总欠款的金额是否包含手续费，这主要取决于协商的具体内容和合同条款，一般情况下，如果手续费是贷款成本的一部分且未被单独列出或排除，那么它可能会被包含在协商的总欠款金额中。以下是对此问题的详细分析：

一、协商内容与合同条款

1. 协商内容：在网贷协商过程中，双方会就还款金额、还款期限、利息、手续费等关键条款进行讨论和确定。如果协商中明确提到了手续费，并且双方同意将其纳入总欠款金额中，那么手续费自然会成为协商总欠款的一部分。

2. 合同条款：网贷合同中通常会明确列出贷款金额、利息、手续费等各项费用。在协商时，这些条款可能会成为讨论的基础。如果合同中规定手续费是贷款成本的一部分，且未被单独列出或排除在协商范围之外，那么手续费很可能会被包含在协商的总欠款金额中。

二、手续费的性质与归属

1. 手续费性质：手续费通常是贷款机构为提供贷款服务而收取的费用，它可能包括贷款申请费、评估费、管理费等。这些费用在贷款合同中通常会有明确的约定。

2. 归属问题：在协商总欠款金额时，手续费的归属取决于双方的协商结果和合同条款。如果双方同意将手续费纳入总欠款金额中，并且合同中没有相反的规定，那么手续费就会成为协商总欠款的一部分。

三、实际操作与注意事项

1. 明确协商内容：在协商过程中，双方应明确各项费用的归属和金额，包括手续费。这有助于避免后续纠纷和误解。

2. 审查合同条款：在协商前，借款人应仔细审查网贷合同中的各项条款，特别是关于手续费的约定。这有助于借款人了解自己的权利和义务，以及在协商中可能面临的限制和条件。

3. 保留证据：在协商过程中，双方应保留好相关证据，如协商记录、合同条款等。这些证据在后续纠纷解决中可能起到关键作用。

四、特殊情况与例外

1. 手续费被单独列出：如果网贷合同中明确将手续费单独列出，并且双方在协商时同意将其排除在总欠款金额之外，那么手续费就不会成为协商总欠款的一部分。

2. 协商结果与合同条款冲突：如果协商结果与网贷合同中的条款存在冲突，双方应明确以哪个为准。在一般情况下，如果协商结果是在双方自愿、平等的基础上达成的，并且不违反法律法规的强制性规定，那么协商结果应具有优先效力。

建议：如果你在网贷协商过程中遇到关于手续费的问题，建议仔细审查合同条款，并与贷款机构进行充分沟通。如有需要，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。