结论：在合同未明确约定违约金是按合同总款还是尾款计算的情况下，一般应理解为按合同总款计算，但具体还需结合合同条款、交易习惯及双方真实意思表示等因素综合判断。
详细分析：
合同解释原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同解释应当遵循文义解释、体系解释、目的解释等原则。在违约金计算基数未明确约定时，首先应考虑合同的整体文义，看是否有其他条款或上下文能够提供线索。
- 若合同文本中未直接说明违约金是按合同总款还是尾款计算，但合同其他部分或交易习惯中有相关暗示或惯例，可据此进行推断。
交易习惯与行业惯例：
- 在某些行业或交易中，可能存在特定的交易习惯或行业惯例，这些习惯或惯例可能对违约金的计算基数有默认规定。
- 如果双方当事人在合同签订前或签订时均知晓并同意遵循这些习惯或惯例，那么这些习惯或惯例应成为合同解释的一部分。
双方真实意思表示：
- 合同是双方当事人真实意思表示的体现。在违约金计算基数未明确约定时，应探究双方签订合同时的真实意图。
- 如果通过合同文本、交易过程、双方沟通记录等证据能够证明双方对违约金的计算基数有共同的理解或预期，那么应以此为准。
法律后果与公平原则：
- 在无法确定违约金计算基数时，如果简单地按合同总款或尾款计算可能导致对一方当事人不公平的结果，那么应考虑适用公平原则进行调整。
- 法院或仲裁机构在裁决时，也会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益等因素，以确定合理的违约金数额。
具体建议：
- 审查合同条款：首先仔细审查合同文本，看是否有其他条款或附件对违约金的计算基数有明确规定。
- 了解交易习惯：如果合同未明确规定，可以了解所在行业或交易中的相关习惯或惯例，看是否能够提供线索。
- 沟通协商：与对方当事人进行沟通协商，尝试达成一致意见，明确违约金的计算基数。
- 寻求法律救济：如果无法通过协商解决争议，可以寻求法律救济，通过诉讼或仲裁等方式解决纠纷。
示例说明：
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定违约金按千分之三一天计算，但未明确是按合同总款还是尾款计算。在合同履行过程中，因乙方违约导致甲方损失。此时，如果合同文本中无其他相关条款，且双方对违约金计算基数存在争议，那么甲方可以首先尝试与乙方沟通协商，明确违约金的计算基数。如果协商无果，甲方可以依据合同解释原则、交易习惯、双方真实意思表示等因素，向法院或仲裁机构提起诉讼或仲裁申请，请求确定合理的违约金数额。
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