关于电动摩托车信号灯通行违规的处罚问题，需结合具体违规情形和地区规定来分析，以下是详细说明：

1. 闯红灯（违反交通信号灯指示通行）
   根据《道路交通安全法》第38条、第90条，电动摩托车闯红灯属于“驾驶机动车违反道路交通信号灯通行”的行为，通常处罚为：

   • 罚款200元；
     
   • 记6分（若电动摩托车被认定为机动车，如时速超过25km/h且未纳入非机动车管理）。
     注：若电动摩托车被认定为非机动车（如时速≤25km/h且符合国标），则依据《道路交通安全法》第89条，处罚为警告或5-50元罚款，不记分。

2. 不按导向车道信号灯通行
   例如在直行车道左转、或左转车道直行，处罚依据《道路交通安全法实施条例》第51条：

   • 若电动摩托车为机动车，处罚为罚款100-200元，记2分；
     
   • 若为非机动车，处罚为警告或5-50元罚款。

3. 黄灯通行争议
   黄灯亮时已越过停止线的可继续通行，未越过的应停车等待。若抢黄灯导致事故或被认定为“未安全通行”，可能面临：

   • 机动车：警告或20-200元罚款；
     
   • 非机动车：警告或5-50元罚款。

4. 特殊情形：无信号灯路口未让行
   若因未让行导致事故，即使无直接信号灯违规，也可能因“未确保安全”承担责任，处罚需结合事故责任认定。

地区差异提示：部分城市（如深圳、上海）对电动摩托车管理更严格，可能叠加处罚（如扣车、强制学习交通法规）。建议通过当地交警官网或APP查询具体细则。

建议：若已因信号灯违规被处罚，可核对处罚决定书上的法律依据和金额，如有异议可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体情形。