结论：三方协议中两方协商是否有效，需根据具体情况判断。原则上，三方协议需要三方共同签字或盖章才能生效，但在特定情况下，两方签字的三方协议也可能具有法律效力。

一、三方协议的基本原则与无效情况

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在三方协议中，每个主体都有其特定的权利和义务，因此，原则上需要三方共同签字或盖章，才能表明各方都对协议内容表示认可和接受，协议也才能正式成立并生效。如果只有两方签字，而第三方未对协议内容作出明确的意思表示，那么该协议因缺少一方的合意而不能成立，也就不具有法律效力。这种情况下，协议无法确定第三方是否愿意接受协议所约定的权利和义务，因此不能保障所有当事人的权益。

二、特殊情况下的有效性

尽管一般情况下三方协议需要三方共同签字才有效，但在以下特殊情况下，两方签字的三方协议也可能被视为有效：

1. 事先授权或事后追认：

   • 如果其中一方有充分的证据证明其已经获得了未签字方的事先授权，比如持有未签字方出具的授权委托书，明确表示委托其代签协议，那么在这种情况下，即使协议上只有两方签字，也可以认为是三方的真实意思表示，协议是有效的。
   • 另外，如果未签字方在事后通过书面声明、实际履行协议义务等方式对协议内容进行了追认，表明其认可协议的效力，那么该三方协议同样可以视为有效。

2. 一方已履行主要义务且对方接受：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的规定，在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。例如，若A、B、C三方签订协议，但仅A、B签字，然而C虽未签字却接受了A、B依据协议履行的部分主要义务，此时可认为协议在A、B、C之间成立并生效。

3. 约定生效条件：

   • 如果三方在协议中明确约定了特殊的生效条件，并且这些条件不依赖于第三方的签字，那么在满足这些约定条件时，即使只有两方签字，协议也可能生效。例如，三方可以在协议中约定“本协议自A方和B方签字之日起生效，C方是否签字不影响协议在A方和B方之间的效力”。在这种情况下，只要A方和B方签字，协议就在他们之间生效。

三、签署三方协议的注意事项

在签署三方协议时，务必确保所有涉及的当事人都已充分了解并同意协议内容，并且都已在协议上签字或盖章。这是保障协议合法性和有效性的关键步骤，也是维护各方权益的重要措施。如果因特殊情况无法取得某一方的签字或盖章，建议采取以下措施：

1. 及时沟通：与未签字方进行及时沟通，了解其未签字的原因，并尝试协商解决。
2. 补充协议：如果未签字方同意协议内容，但因故无法及时签字，可以签订补充协议，明确其认可原协议的内容，并约定签字或盖章的时间。
3. 法律咨询：在无法取得未签字方签字或盖章的情况下，建议咨询专业律师，以获取针对性的解决方案，避免未来可能出现的法律纠纷和风险。

总结：三方协议中两方协商是否有效，需根据具体情况判断。在签署三方协议时，务必确保所有当事人都已充分了解并同意协议内容，并尽量取得所有当事人的签字或盖章。如果遇到特殊情况无法取得某一方的签字或盖章，建议及时沟通、签订补充协议或咨询专业律师，以保障协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。