核心结论：针对农村股权证户主和儿子先分户后又合户，现只有一本股权证的情况，可按以下步骤处理：

1. 确认股权证归属及变更情况

   • 首先，需要明确这本现有的股权证是登记在谁的名下。如果是登记在原户主（如父亲）名下，而儿子在分户期间可能曾拥有或应拥有自己的股权证，那么需要查证分户及合户过程中股权证的变更记录。
   • 如果股权证从未进行过分户变更，即始终只有一本且登记在原户主名下，那么儿子在合户后可能并未自动获得股权证的权益，这需要根据当地农村集体经济组织的规定来处理。

2. 与农村集体经济组织沟通

   • 接下来，应与所在的农村集体经济组织（如村委会或经济合作社）进行沟通，了解股权证的分配、变更及合户后的处理规定。
   • 农村集体经济组织通常会根据成员资格、贡献等因素来分配股权，因此需要了解儿子在合户后是否仍具备成员资格，以及是否应重新分配或确认股权。

3. 申请股权证变更或补发

   • 如果儿子在合户后应拥有股权证的权益，但现有股权证并未反映这一情况，那么可以向农村集体经济组织申请股权证的变更或补发。
   • 申请时可能需要提供相关证明材料，如分户证明、合户证明、身份证明等，以证明儿子的身份及权益。

4. 考虑法律途径

   • 如果与农村集体经济组织的沟通无果，或者认为其处理方式不合法、不合理，那么可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。
   • 可以咨询专业律师（即我本人），了解具体的法律程序和维权策略，如提起行政诉讼或民事诉讼等。

5. 关注当地政策动态

   • 农村股权证的分配和管理往往受到当地政策的影响，因此需要关注当地政策的动态变化。
   • 如果当地政策有关于股权证变更、补发或合户后的处理规定，那么应按照政策要求来操作。