在合同纠纷中，如果双方同意调解，那么需要达成的协议内容应当全面、具体且具有可操作性，以确保调解协议能够有效执行并解决双方争议。以下是从多个角度分析，双方在调解过程中应当达成的主要协议内容：
争议事项的明确与解决：
- 双方应明确列出合同纠纷中的具体争议事项，如合同履行中的违约行为、合同条款的解释争议、合同解除的条件与后果等。
- 针对每一项争议，双方应协商并达成一致的解决方案，如支付违约金、赔偿损失、继续履行合同、修改合同条款等。
履行方式与期限：
- 调解协议中应明确双方履行各自义务的具体方式，如支付方式（现金、转账等）、交付方式（物流、自提等）。
- 同时，应设定合理的履行期限，确保双方有足够的时间准备并履行义务，避免因期限不明而导致的新的争议。
违约责任与救济措施：
- 双方应约定如果一方未按照调解协议履行义务，应承担的违约责任，如支付额外的违约金、赔偿对方因此遭受的损失等。
- 同时，应明确违约时的救济措施，如申请强制执行、提起诉讼等，以保障调解协议的有效执行。
保密条款：
- 如果调解过程中涉及双方的商业秘密或敏感信息，双方应约定保密条款，明确保密信息的范围、保密期限以及违反保密义务的责任。
争议解决方式的变更：
- 双方可以约定，在调解协议履行过程中如果再次发生争议，应首先通过协商、调解等方式解决，避免直接进入诉讼程序，以节约成本和时间。
- 如果协商、调解无果，双方可以约定具体的仲裁机构或诉讼法院，以及适用的法律。
其他约定：
- 根据具体情况，双方还可以约定其他与合同纠纷解决相关的条款，如合同的变更、解除条件，以及调解协议的生效条件等。
示例：假设双方因一份销售合同产生纠纷，甲方认为乙方未按时交付货物，乙方则认为甲方未按时支付货款。在调解过程中，双方可以达成如下协议：
- 乙方同意在XX日内交付剩余货物，并承担因延迟交付给甲方造成的损失XX元；
- 甲方同意在收到货物后XX日内支付剩余货款，并放弃对乙方延迟交付的违约金主张；
- 双方约定，如果一方未按照本协议履行义务，应支付对方违约金XX元，并赔偿对方因此遭受的全部损失；
- 双方对本协议内容保密，不得向第三方透露；
- 如果双方在履行本协议过程中再次发生争议，应首先通过友好协商解决，协商无果的，提交XX仲裁委员会仲裁。
在达成调解协议时，双方应确保协议内容合法、合规，且不违反公序良俗。如果调解协议涉及复杂的法律问题或金额较大，建议双方在签订前咨询专业律师（即向我咨询）进行审查，以确保协议的有效性和可执行性。