结论：在劳动合同签订时发生重大变更，同时员工处于哺乳期的情况下，不能简单地按照最低工资标准发放工资。具体分析如下：
一、哺乳期员工的特殊保护
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期内的，用人单位不得随意解除劳动合同，且应当保障其基本的劳动权益。哺乳期作为女职工的特殊生理阶段，法律对其给予了特别的保护，以确保母婴健康。
二、工资发放的法定标准
正常情况下的工资标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。但这并不意味着在所有情况下，用人单位都可以按照最低工资标准支付工资。
- 在劳动合同签订时发生重大变更，如工作岗位、工作地点、工作内容等发生显著变化，且这种变更并非由员工原因造成时，用人单位应当与员工协商一致，并按照新的约定支付工资。
哺乳期员工的工资标准：
- 哺乳期员工享有特殊的工资保护。根据相关规定，女职工在哺乳期内，用人单位不得降低其工资待遇。这意味着，即使劳动合同发生重大变更，用人单位也不能单方面决定按照最低工资标准支付哺乳期员工的工资。
- 如果用人单位确实需要调整哺乳期员工的工资，必须与员工进行充分协商，并达成一致意见。同时，调整后的工资不得低于当地最低工资标准，且应确保员工的正常生活不受影响。
三、可能的法律后果
如果用人单位违反规定：
- 如果用人单位在劳动合同签订时发生重大变更的情况下，单方面决定按照最低工资标准支付哺乳期员工的工资，将构成违法行为。
- 哺乳期员工有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位纠正违法行为，并支付应得的工资差额。
- 在严重情况下，用人单位还可能面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
建议与措施：
- 对于用人单位而言，在劳动合同签订时发生重大变更时，应主动与哺乳期员工进行沟通协商，明确新的工资标准和支付方式。
- 如果双方无法达成一致意见，用人单位应寻求法律途径解决争议，如申请劳动仲裁或提起诉讼等。
- 对于哺乳期员工而言，如果发现用人单位存在违法行为，应及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总结与建议：在劳动合同签订时发生重大变更且员工处于哺乳期的情况下，用人单位不能简单地按照最低工资标准发放工资。双方应通过协商达成一致意见，并确保哺乳期员工的工资待遇不受影响。如果遇到争议或违法行为，建议及时咨询专业律师或向劳动监察部门投诉以维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。