电动三轮车被查处的处罚方式需根据车辆性质、使用场景及地方规定综合判断，常见处罚情形如下：

1. 车辆被认定为机动车但未登记上牌
   若电动三轮车经鉴定属于机动车（如时速超过25km/h、整车质量超过55kg等），但未依法登记上牌，根据《道路交通安全法》第九十五条，公安机关交通管理部门将扣留车辆，并处20元以上200元以下罚款，同时要求补办登记手续。若驾驶人未取得机动车驾驶证，还将面临200元以上2000元以下罚款，并可处15日以下拘留（依据《道路交通安全法》第九十九条）。

2. 车辆被认定为非机动车但违规行驶
   若电动三轮车被认定为非机动车（如符合新国标电动自行车标准），但存在闯红灯、逆行、载人超标等违法行为，根据《道路交通安全法》第八十九条，通常处5元以上50元以下罚款；若拒绝接受罚款，可能扣留车辆。

3. 地方性法规的特殊规定
   部分城市对电动三轮车实施更严格的管理，例如：

   • 禁行区域行驶：在划定的禁行区域内行驶，可能面临200元罚款（如北京、上海等城市）；
     
   • 无牌无证上路：除罚款外，还可能要求车辆所有人参加交通安全学习或暂扣车辆；
     
   • 非法营运：若用于载客营运，可能面临5000元以下罚款，并没收违法所得（依据《道路运输条例》第六十三条）。

建议处理步骤：

1. 确认车辆性质（机动车/非机动车），可通过购车发票、合格证或向交管部门申请鉴定；
   
2. 核对当地对电动三轮车的管理规定（如是否需要驾驶证、是否允许上路等）；
   
3. 若对处罚有异议，可在收到处罚决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。
   

如有具体案件细节（如处罚地点、车辆参数等），可进一步向我咨询，我会结合地方规定为您详细分析。