关于公司违约金赔偿在法院执行时是否按立案顺序分配的问题，结论是：一般情况下，法院执行并非严格按立案顺序分配，而是依据法定原则和具体案情进行分配。以下从不同角度进行详细分析：
执行分配的一般原则：
- 在法院执行程序中，对于多个债权人申请执行同一债务人的财产时，并非简单地按照立案顺序进行分配。而是根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》等相关法律规定，遵循法定原则进行分配。
- 具体来说，如果债务人的财产足以清偿全部债务，那么按照各债权人的债权比例进行分配；如果债务人的财产不足以清偿全部债务，且各债权人之间没有特殊约定或法律另有规定，那么通常按照法定优先权（如劳动报酬、税款等）的顺序进行分配，剩余部分再按照债权比例分配。
违约金赔偿在执行分配中的地位：
- 违约金赔偿作为债权的一种，在执行分配中并不享有特殊的优先权。它与其他普通债权一样，需要按照法定原则进行分配。
- 如果违约金赔偿的债权人在执行程序中申请了强制执行，并且提供了有效的执行依据（如判决书、裁定书等），那么该债权人的债权将与其他债权人的债权一起参与分配。
特殊情况下的分配顺序：
- 在某些特殊情况下，如债务人进入破产程序或存在其他法定优先权的情况，违约金赔偿的分配顺序可能会受到影响。
- 例如，在破产程序中，根据《中华人民共和国企业破产法》的规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，按照法定顺序进行清偿。其中，劳动报酬、税款等享有优先权，而违约金赔偿等普通债权则排在较后的顺序。
实际操作中的建议：
- 对于公司而言，如果面临违约金赔偿的执行问题，建议及时与债权人沟通协商，寻求和解或分期偿还等解决方案，以减轻执行压力。
- 同时，公司也可以咨询专业律师，了解自身在执行程序中的权利和义务，以及可能的法律后果和应对策略。
总结来说，公司违约金赔偿在法院执行时并非严格按立案顺序分配，而是依据法定原则和具体案情进行分配。因此，公司在面临此类问题时，应充分了解相关法律规定和执行程序，积极与债权人沟通协商，并寻求专业法律帮助以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。