结论：不知道自身种植的是毒品但在事后铲除，是否构成非法种植毒品原植物罪既遂，需分情况讨论。若在收获前自动铲除，可以免除处罚，不构成既遂后的刑罚承担；若在收获后铲除或存在其他严重情节，则可能构成既遂并需承担相应刑事责任。以下是对此问题的详细分析：
一、非法种植毒品原植物罪的构成要件
非法种植毒品原植物罪，是指明知是罂粟、大麻等毒品原植物而非法种植，且数量较大，或者经公安机关处理后又种植，或者抗拒铲除的行为。这一罪名的构成，主要关注行为人的主观明知和客观种植行为，以及种植的数量和情节。
二、事后铲除的法律效果
收获前自动铲除：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百五十一条的规定，非法种植罂粟或者其他毒品原植物，在收获前自动铲除的，可以免除处罚。这一规定体现了法律对主动悔过并采取措施减少社会危害行为的宽容态度。
- 在此情况下，即使行为人最初不知道所种植的是毒品原植物，但只要在收获前自动铲除，就可以免除刑事责任，不构成既遂后的刑罚承担。
收获后铲除或存在其他严重情节：
- 如果行为人在收获后铲除，或者虽然事先不知道但种植数量巨大、经公安机关处理后又种植、抗拒铲除等，则可能构成非法种植毒品原植物罪既遂，需要承担相应的刑事责任。
- 在这些情况下，事后铲除并不能完全消除行为的违法性，因为已经造成了社会危害，如毒品的扩散、对公共安全的威胁等。
三、主观明知与客观行为的认定
主观明知：
- 非法种植毒品原植物罪要求行为人主观上明知所种植的是毒品原植物。如果行为人确实不知道所种植的是毒品原植物，且没有其他证据表明其应当知道，那么其主观恶性相对较小。
- 然而，在司法实践中，对于“明知”的认定往往结合行为人的认知能力、种植经验、植物特征等因素进行综合判断。
客观行为：
- 客观上，行为人实施了非法种植毒品原植物的行为，且数量达到较大标准或存在其他严重情节。
- 事后铲除的行为，虽然可以在一定程度上减轻社会危害，但并不能完全消除行为的违法性。
四、建议与提醒
增强法律意识：
- 广大公众应增强法律意识，了解毒品原植物的种类和特征，避免误种或非法种植。
- 如果发现疑似毒品原植物，应及时向公安机关报告，以便及时处理。
主动悔过与配合执法：
- 如果确实误种了毒品原植物，应在收获前自动铲除，并向公安机关报告，以争取免除处罚。
- 在执法过程中，应积极配合公安机关的工作，避免抗拒铲除等行为的发生。
寻求法律帮助：
- 如果面临相关的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。
总之，不知道自身种植的是毒品但在事后铲除是否构成非法种植毒品原植物罪既遂，需根据具体情况进行判断。如果还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。