结论：父亲能否代替儿子实缴投资款需分情况讨论，主要取决于公司章程、股东协议约定及实际出资性质，以下为具体分析：

1. 若公司章程或股东协议明确禁止代持/代出资
   根据《公司法》及相关司法解释，股东出资义务具有人身专属性。若公司章程或股东协议中明确约定“股东必须以自有财产出资，禁止他人代为履行出资义务”，则父亲代替儿子实缴的行为可能因违反约定而被认定无效。此时公司有权要求儿子（名义股东）补足出资，父亲可能因越权代付无法主张股东权利。

2. 若公司章程或股东协议未禁止代出资
   若未明确禁止，父亲可与儿子签订书面代出资协议，明确资金性质为“借款”或“赠与”：

   • 若为借款：儿子需向父亲偿还本金及利息，但公司登记的股东仍为儿子，父亲不直接享有股东权益；
     
   • 若为赠与：资金转化为儿子个人财产后用于出资，父亲无权要求返还，但儿子需自行承担出资义务及股东责任。
     需注意：若父亲实际参与公司管理或分红，可能被认定为“隐名股东”，此时需通过代持协议明确权利义务，否则可能面临股权归属争议。

3. 特殊情形：父亲作为实际出资人
   若父亲希望成为实际出资人，需与儿子签订股权代持协议，并满足以下条件：

   • 协议内容合法（不得规避法律强制性规定，如外商投资准入负面清单）；
     
   • 其他股东过半数同意（涉及有限责任公司股权变更时）；
     
   • 办理工商变更登记（若需显名化）。
     风险提示：代持关系可能因儿子债务纠纷导致股权被查封，父亲权益难以保障。

建议行动：

1. 优先审查公司章程及股东协议，确认是否存在限制性条款；
   
2. 若需代出资，务必签订书面协议并留存转账凭证，明确资金性质；
   
3. 若涉及股权代持，建议同步办理公证或律师见证，降低法律风险。
   

如有进一步细节（如公司类型、协议内容等），可随时补充说明，我会为您细化分析。