不起诉理由说明书一般不需要特别区分正副本并分别盖章，但需确保提交给检察机关的版本为正式、有效的文书，并加盖公章或由负责人签字确认。以下是对此问题的详细分析：

1. 文书性质与目的：

   • 不起诉理由说明书是辩护方（通常是犯罪嫌疑人或其辩护人）向检察机关提交的一份重要法律文书，旨在说明为何不应对犯罪嫌疑人提起公诉。
   • 其核心目的是阐述不起诉的法律依据和事实理由，以说服检察机关作出不起诉决定。

2. 盖章要求：

   • 在法律文书中，盖章通常用于确认文书的真实性、合法性和有效性。
   • 对于不起诉理由说明书，虽然法律没有明确规定必须盖正副本，但为确保文书的正式性和权威性，提交给检察机关的版本应当是正式、有效的，并加盖公章或由负责人签字确认。
   • 如果制作了多份副本（如用于内部讨论、备份等），这些副本通常不需要单独盖章，除非有特定需求或内部规定。

3. 实践操作建议：

   • 在准备不起诉理由说明书时，应确保内容准确、完整、有说服力，并符合法律格式要求。
   • 提交前，应仔细核对文书内容，确保无误后加盖公章或由负责人签字确认。
   • 如果需要提交多份副本给检察机关或其他相关方，可以在提交时说明副本的用途和数量，并确保所有副本内容一致。

4. 法律后果与注意事项：

   • 如果不起诉理由说明书存在瑕疵或不符合法律要求，可能会影响检察机关的审查决定。
   • 因此，在准备和提交文书时，应严格遵守法律程序和规定，确保文书的合法性和有效性。
   • 如有任何疑问或不确定之处，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助和指导。

总结来说，不起诉理由说明书本身不需要特别区分正副本并分别盖章，但提交给检察机关的版本应当是正式、有效的，并加盖公章或由负责人签字确认。在准备和提交过程中，应严格遵守法律程序和规定，确保文书的合法性和有效性。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。