工程施工单位在周末施工是否合法，主要取决于当地的具体法规、施工活动的性质以及是否获得了相关部门的批准。以下是对这一问题的详细分析：

一、一般情况下的法规限制

1. 噪声敏感区域限制：

   • 在城市市区范围内，特别是噪声敏感建筑物集中区域（如居民住宅区），为保障居民的休息权益，许多地方会规定在双休日（周六、周日）限制或禁止产生环境噪声污染的建筑施工作业。这是基于《中华人民共和国环境噪声污染防治法》等相关法律法规的规定，旨在维护良好的生活环境和公共秩序。

2. 法定休息日装修限制：

   • 法定休息日（如周六、周日）全天禁止在已竣工交付使用的住宅楼内进行产生噪声的装修等扰民作业。但这主要针对的是已交付使用的住宅楼内的装修作业，并不意味着所有建筑施工在周末都不能进行。

二、允许施工的特殊情况

1. 抢修、抢险作业：

   • 在自然灾害（如暴雨导致设施坍塌）、突发事故（如地下管道破裂）等紧急情况下，为避免造成更大损失或危害公共安全，抢修、抢险作业是允许的。这种情况下，施工单位应尽快采取措施，并尽量减少对周边环境和居民的影响。

2. 特殊工艺要求的连续作业：

   • 某些建筑施工项目，如混凝土浇筑施工，由于其生产工艺的特殊性，需要不间断地进行作业。在这种情况下，施工单位必须获得县级以上人民政府或者其有关主管部门的证明，并提前公告附近居民，以确保施工的合法性和透明度。同时，施工单位还需采取有效的降噪措施，如使用低噪音设备、设置隔音屏障等，以减少对周边环境和居民的影响。

三、实际操作与建议

1. 了解当地法规：

   • 施工单位在进行周六周日施工前，应首先咨询当地相关部门或法律专业人士，了解当地的具体法规和政策要求。不同地区的城市对于建筑施工周末施工的规定可能存在差异，因此了解当地法规是确保施工合法性的关键。

2. 采取降噪措施：

   • 无论是否获得施工许可，施工单位都应采取有效的降噪措施，以减少对周边环境和居民的影响。这不仅是法律的要求，也是施工单位应尽的社会责任。

3. 积极配合监管：

   • 对于因特殊需要必须在双休日施工的项目，施工单位应积极配合政府部门的监管，确保施工的合法性和合规性。同时，施工单位还应及时与周边居民沟通协商，争取他们的理解和支持。

总结来说，工程施工单位在周末施工是否合法，需结合当地法律法规、政策规定及实际情况来判断。若确需在周末施工，应依法办理相关手续，并采取有效措施减轻对周边环境及居民的影响。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。