在既是挂靠又是合作关系的情况下，责任承担需根据具体情形和相关法律法规综合判断，以下分情况说明：
合同纠纷中的责任承担
以被挂靠方名义签订合同：
- 一般原则：根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五十四条，被挂靠方因收取管理费并允许挂靠方以其名义从事活动，应对外承担合同责任。这意味着，如果挂靠方以被挂靠方的名义与第三方签订合同，并因违约等原因产生纠纷，第三方有权要求被挂靠方承担责任。
- 内部追偿：被挂靠方在承担责任后，可以依据内部挂靠协议向挂靠方追偿。但需要注意的是，内部协议不得对抗善意第三人，即如果第三方在签订合同时并不知道挂靠关系的存在，被挂靠方不能以内部协议为由拒绝承担责任。
- 实例说明：假设A公司允许B个人挂靠，并以A公司的名义与C公司签订了一份采购合同。后来，由于B的原因导致合同违约，C公司有权要求A公司承担违约责任。A公司在承担责任后，可以根据与B的挂靠协议向B追偿。
以挂靠方名义签订合同：
- 明知挂靠情况：如果合同相对方（即第三方）明知挂靠事实，那么基于合同相对性原理，由挂靠方独立承担责任。这意味着，如果第三方知道B是挂靠在A公司名下的，并且与B签订了合同，那么因合同产生的纠纷应由B独立承担责任。
- 不知挂靠情况（表见代理）：如果合同相对方不知挂靠且有理由相信是与被挂靠方签约，则构成表见代理，挂靠方与被挂靠方应承担连带责任。这通常发生在第三方有合理理由认为挂靠方是被挂靠方的代表或代理人的情况下。
侵权纠纷中的责任承担
- 建筑工程领域：在建筑工程领域，挂靠人与被挂靠人对建设工程质量问题承担连带责任。如果施工过程中因挂靠人原因导致的人身或财产损害，挂靠人与被挂靠人也通常承担连带责任。例如，如果甲无资质挂靠在乙建筑公司名下承接工程，工程存在质量问题造成丙损失，丙可以要求甲和乙共同赔偿。
- 交通运输领域：在交通运输领域，如果挂靠车辆发生交通事故造成损害，属于机动车一方责任的，挂靠人与被挂靠人承担连带责任。例如，张三的货车挂靠在李四运输公司名下，张三驾驶车辆发生事故致人受伤，受害人可以要求张三和李四公司共同赔偿。
行政责任承担
- 被挂靠方如果违反行政管理规定允许挂靠，可能面临行政处罚，如责令改正、没收违法所得、罚款、停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书等。
- 挂靠方如果以被挂靠方名义从事违法违规行为，同样需承担相应行政责任，如罚款、暂扣或吊销驾驶证等。
总结与建议：
在既是挂靠又是合作关系的情况下，责任承担复杂多变，需根据具体情形和相关法律法规综合判断。为了避免纠纷和损失，建议挂靠方和被挂靠方在签订挂靠协议时明确各自的权利和义务，以及责任承担方式。同时，在对外签订合同时，应明确是以谁的名义签订，并确保合同相对方了解挂靠关系的存在（如果适用）。如果发生纠纷或面临法律责任，应及时咨询专业律师（即我本人，吴金荣律师，专注于刑事辩护、合同纠纷领域），以便根据具体情况制定合适的应对策略。