结论：醉驾案件若检察院决定不起诉，通常不会留下犯罪记录（即案底），但可能会有行政处罚记录，且相关违法记录或调查材料可能会留存于公安机关的系统中。
详细分析：
不起诉与犯罪记录的关系：
- 法定不起诉：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条，对于情节显著轻微、危害不大等六种情形，不追究刑事责任。若醉驾案件符合这些条件，检察院将作出不起诉决定，意味着行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任，自然不会留下犯罪案底。
- 酌定不起诉：依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条第二款，对于犯罪情节轻微且不需要判处刑罚的案件，检察院可以酌定不起诉。在醉驾案件中，若犯罪情节轻微（如酒精含量略高于标准、未发生事故且认罪认罚），检察院可能作出此决定，同样不会留下犯罪案底。
- 证据不足不起诉：按照《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第四款，若案件经过二次补充侦查后证据仍然不足，检察院应作出不起诉决定。醉驾案件若因证据问题被不起诉，同样因为没有经过法院判决有罪，不会留下犯罪案底。
不起诉后的其他法律后果：
- 虽然检察院不起诉不会留下犯罪案底，但醉驾行为本身违反了《道路交通安全法》，因此可能会面临行政处罚。这些处罚包括但不限于罚款、吊销机动车驾驶证等。这些行政处罚记录会在公安机关留存，并在某些情况下（如申请驾照、求职等）被查询和考虑。
- 此外，即使未留下犯罪记录，醉驾行为人的相关违法记录或调查材料可能会留存于公安机关的系统中。这些记录虽然不等同于传统的“案底”，但可能在特定情况下被查询和使用。
地区差异与特殊情况：
- 需要注意的是，不同地区对于醉驾案件的处理可能存在细微差异。例如，某些地区可能对于醉驾行为有更为严格的处罚措施或记录管理方式。
- 另外，如果醉驾行为造成了严重后果（如交通事故导致人员伤亡），即使检察院决定不起诉，行为人也可能面临其他法律责任或社会评价的影响。
建议：
- 醉驾行为不仅可能面临法律处罚，还可能对个人的生活和工作产生长远影响。因此，强烈建议驾驶者严格遵守交通法规，坚决杜绝酒后驾车行为。
- 如果因醉驾被检察院决定不起诉，行为人应了解自己的法律地位和可能面临的后果，并积极配合相关部门的处理工作。同时，也可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
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