保险机构代收车船税是完全合法的，这一行为有着明确的法律依据和严格的操作流程。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国车船税法》及其实施条例，从事机动车第三者责任强制保险业务的保险机构被明确指定为机动车车船税的扣缴义务人。这意味着，保险机构在收取保险费的同时，有责任依法代收车船税，并出具相应的代收税款凭证。这一规定为保险机构代收车船税提供了坚实的法律基础。
二、代收流程的合法性
保险机构代收车船税的过程遵循着一套严格且透明的流程，确保了税款的准确、高效上缴：
信息核对与采集：在办理交强险业务时，保险机构会仔细核对纳税人提供的车辆信息，如车辆识别码、发动机号等，以确保与车险信息平台和国家税务总局系统中的车辆基础信息一致。同时，还会采集车辆的其他相关信息，如类型、车牌号、核定载客人数等，作为计算车船税的依据。
税款计算：根据车辆的类型、排量、使用性质等因素，保险机构会按照车船税的相关规定准确计算应纳税额。
税款代收：在收取保险费的同时，保险机构会一并代收车船税，并在相关文书中明确列出税款金额，确保纳税人清楚了解税款情况。
凭证出具：保险机构会向纳税人开具注明已收税款信息的交强险保险单和保费发票，作为代收税款凭证。若纳税人需要另外开具完税凭证，保险机构也会告知其如何操作。
税款上缴：保险机构会定期（一般为每月）将代收的车船税税款向当地税务机关申报解缴，并报送相关的车辆信息和税款明细数据，确保税款的及时上缴。
三、特殊情况处理的合法性
对于符合车船税减免税条件的车辆、已缴纳税款的车辆、拒缴税款的车辆以及外地车辆等特殊情况，保险机构也有相应的处理流程，确保代收车船税的合法性和公正性。例如，对于符合减免税条件的车辆，保险机构在确认后不再代收车船税，并在相关文书中注明减免税情况；对于已缴纳税款的车辆，保险机构会注明已缴纳情况，避免重复征收。
四、档案管理与监督的合法性
保险机构还会做好机动车投保、缴税信息以及其他相关信息的档案保存、整理工作，确保资料的完整性和准确性。同时，保险机构会与税务机关建立工作协调机制和信息交换机制，加强部门配合，共同做好车船税的征收管理工作。此外，保险机构还会接受税务机关和保险监管部门的检查，确保代收车船税的合法性和规范性。
综上所述，保险机构代收车船税是一项重要的法定职责，其合法性得到了明确的法律依据和严格的操作流程的支持。因此，您可以放心地通过保险机构缴纳车船税。