摩托车停在机动车位是否违法，需分情况讨论：

1. 若该机动车位明确为小型汽车专用，且禁止摩托车停放：

   • 法律背景：根据《道路交通安全法》及相关地方性法规，交通标志、标线具有明确的指示作用，车辆必须按照其指示停放。若机动车位旁设有“小型汽车专用”或“禁止摩托车停放”等标志，则摩托车停入该车位即构成违法。
   • 法律后果：摩托车驾驶员可能面临罚款、扣分等行政处罚，具体处罚标准依据地方性法规而定。

2. 若该机动车位未明确禁止摩托车停放，且摩托车符合停放条件：

   • 法律背景：在缺乏明确禁止性标志的情况下，摩托车作为机动车的一种，理论上可以停放在机动车位内。但需注意，摩托车停放时不得妨碍其他车辆和行人的正常通行，且需确保停放安全。
   • 法律建议：尽管法律上可能未明确禁止，但摩托车驾驶员在停放时仍应谨慎选择车位，避免占用过多空间或影响其他车辆进出。同时，建议摩托车驾驶员在停放时留意周围环境，确保停放安全。

3. 若该区域为收费停车位，且摩托车未按规定缴费：

   • 法律背景：无论车辆类型如何，若停放在收费停车位内而未按规定缴费，均构成违法。这属于违反停车管理规定的行为，与车辆类型无关。
   • 法律后果：摩托车驾驶员可能面临罚款等行政处罚，具体处罚标准依据地方性停车管理规定而定。

进一步思考与建议：

• 了解地方性法规：由于不同地区的交通管理规定可能存在差异，摩托车驾驶员在停放前应了解当地的具体规定，以避免违法。
• 注意交通标志与标线：在停放车辆时，务必留意周围的交通标志与标线，确保按照其指示停放。
• 增强法律意识：作为机动车驾驶员，应增强法律意识，遵守交通法规，共同维护良好的交通秩序。

总结：摩托车停在机动车位是否违法，取决于该车位是否明确禁止摩托车停放、摩托车是否符合停放条件以及是否按规定缴费等因素。摩托车驾驶员在停放前应仔细了解相关规定，确保合法停放。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。