员工自离（即自动离职，未按照公司规定流程办理离职手续）时，工资的扣除情况确实是一个需要细致分析的问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、工资扣除的法律依据
首先，我们要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资。但法律也允许在特定情况下扣除部分工资，比如代扣个税、社保等法定费用，或者因劳动者原因给单位造成经济损失的合理赔偿。同时，《工资支付暂行规定》第十六条也明确指出，若因劳动者本人原因给单位造成经济损失，单位可要求赔偿，但每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
二、自离时工资扣除的常见情形
按旷工处理：
- 自离通常会被视为旷工，工厂可能会根据规章制度扣除相应天数的工资。比如，如果您的日薪是200元，旷工3天，那么工厂可能会扣除600元。
- 如果旷工天数达到公司规定的解雇条件（如连续3天或累计5天），您还可能被直接辞退，并且不支付当月全勤奖或其他补贴。
工作交接未完成：
- 如果您的自离导致项目延误、设备损坏或客户流失，工厂可能会要求您赔偿相应的损失。比如，因未交接技术资料导致生产线停工，您可能需要承担部分经济损失。
培训服务期违约：
- 如果工厂曾出资为您提供专项培训，并约定了服务期，而您在服务期内自离，那么您需要按比例退还培训费用。比如，培训费5万元，服务期5年，您工作1年后自离，那么您可能需要退还4万元。
其他合理费用：
- 如果您未归还工装、工具或造成财物损坏，工厂也可以从您的工资中扣除相应的费用。
三、工厂不能随意扣工资的情形
不得以“自离”为由全额扣发工资：
- 只要您已经付出了劳动，就应该获得相应的报酬。比如，如果您工作至本月15日后自离，工厂应该发放您前15天的工资。
不得扣除与损失无关的费用：
- 工厂不能以“自离影响团队士气”等为由扣款，这属于违法行为。
不得低于最低工资标准：
- 扣除后的实发工资不得低于当地最低工资标准。比如，北京2023年的最低工资标准是2320元/月。
四、建议处理方式
优先协商：
- 您可以与工厂沟通，说明自离的原因（如家庭急事、健康问题等），争取协商解决工资问题。
保留证据：
- 请务必保存好考勤记录、工资条、劳动合同等材料，这些将作为您维权的重要依据。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，您可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张补发被克扣的工资。
法律咨询：
- 在复杂情况下，建议您咨询专业律师，评估胜诉概率及维权成本。
五、注意事项
- 避免冲动自离：尽量按照公司流程办理离职手续，减少不必要的纠纷。
- 警惕霸王条款：如果劳动合同或规章制度中存在“自离一律扣半月工资”等不合理条款，您可以通过法律途径主张其无效。
- 关注时效性：劳动仲裁需在离职后一年内提出，逾期可能丧失胜诉权。
综上所述，自离时工资的扣除是一个涉及多个法律知识点的复杂问题。希望我的解答能够帮助您更好地理解相关法律法规，并在遇到问题时能够采取合适的措施维护自己的合法权益。