企业破产时，员工的补偿金主要由企业自身的破产财产来支付。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律基础与支付原则

根据《中华人民共和国企业破产法》及相关法律法规，企业破产时，员工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应当划入员工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，还有法律、行政法规规定应当支付给员工的补偿金等，均属于破产债权，应当从企业的破产财产中优先清偿。这一原则体现了法律对员工权益的保护，确保在企业破产时，员工能够得到应有的补偿。

二、支付顺序与优先级

在企业破产清算过程中，员工的补偿金支付具有较高的优先级。具体来说，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，会按照以下顺序进行清偿：

1. 员工债权：包括工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，以及应当划入员工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，和法律、行政法规规定应当支付给员工的补偿金等。
2. 社会保险费用和税款：在清偿完员工债权后，破产财产会用于清偿欠缴的社会保险费用和税款。
3. 普通破产债权：最后，破产财产会用于清偿普通破产债权，如供应商货款、银行贷款等。

三、特殊情况下的支付责任

虽然原则上员工的补偿金由企业自身的破产财产来支付，但在某些特殊情况下，也可能涉及其他支付主体：

1. 企业实际控制人或股东的责任：如果企业实际控制人或股东存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的行为，他们可能需要对企业债务承担连带责任，包括员工的补偿金。
2. 政府或相关部门的救助：在某些特殊情况下，如企业破产涉及大量员工失业，可能对社会稳定造成较大影响时，政府或相关部门可能会出台相关政策或提供救助资金，以帮助企业支付员工补偿金或进行再就业安置。但这种情况并非普遍现象，且具体政策因地区和行业而异。

四、实际操作中的注意事项

1. 及时申报债权：员工在企业破产时，应及时向破产管理人申报自己的债权，包括工资、补偿金等，以确保自己的权益得到保障。
2. 关注破产进展：员工应关注企业破产的进展情况，了解破产财产的分配方案，以便及时了解自己的补偿金支付情况。
3. 寻求法律援助：如果员工在破产过程中遇到任何问题或纠纷，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。

总结来说，企业破产时，员工的补偿金主要由企业自身的破产财产来支付，且具有较高的清偿优先级。但在特殊情况下，也可能涉及其他支付主体。员工应及时申报债权、关注破产进展，并在必要时寻求法律援助。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。