在登记结婚时，婚姻登记机关通常不会直接查询当事人是否有案底。婚姻登记的主要目的是确认双方的身份信息和婚姻状况，以确保婚姻的合法性和有效性。根据现行的婚姻登记流程和相关规定，双方在申请结婚登记时，主要需要提供的是本人的居民身份证、无配偶以及与对方当事人没有直系血亲和三代以内旁系血亲关系的签字声明。

然而，值得注意的是，民政部与最高人民法院已经建立了当事人婚姻信息共享机制。这一机制主要是为了共享涉及婚姻案由的案件信息，如暴力干涉婚姻自由罪、重婚罪、婚姻自主权纠纷、离婚纠纷等，以进一步完善全国婚姻登记信息数据库，并增强婚姻登记核查的准确性。但这一机制并不意味着婚姻登记机关在办理结婚登记时会主动查询当事人的所有案底信息。

如果当事人声明的婚姻状况或身份信息与婚姻登记机关核查的信息不一致，或者婚姻登记机关在办理过程中发现存在可疑情况，可能会要求当事人提供进一步的证明材料或进行更深入的核查。但这并不等同于对当事人所有案底的全面查询。

总的来说，登记结婚时，婚姻登记机关主要关注的是双方的身份信息和婚姻状况，而不是当事人的所有案底信息。因此，在正常情况下，登记结婚时不会直接查得到有案底。但为了确保婚姻的合法性和有效性，建议当事人在申请结婚登记时如实提供相关信息，并遵守相关法律法规。