结论：房屋灭失是否合法，需结合具体情况判断，包括政府行为的合法性、程序正当性以及是否侵犯当事人合法权益等因素。若政府行为违法或程序不当，房屋灭失则可能不合法；反之，若政府行为合法且程序正当，则房屋灭失可能是合法的。
分析：
政府行为的合法性：
- 法院已判决政府拆灭房屋的行为违反，这表明政府的行为在法律上已被认定为不合法。在此情况下，如果政府仍然下文处理决定要求当事人确权，而房屋已经灭失，这一行为本身可能就存在问题。因为政府应当首先遵守法院的判决，而不是继续推进可能违法的行为。
- 如果政府的行为在后续得到了法律的确认或纠正，比如通过行政复议或行政诉讼等程序，确认了其拆灭房屋的合法性，那么房屋灭失在法律上可能被视为合法。但这种情况需要具体的法律文书和证据来支持。
程序正当性：
- 政府在处理房屋拆灭和确权问题时，必须遵循法定的程序。这包括通知当事人、听取当事人意见、进行调查取证、作出决定并告知当事人等步骤。如果政府在处理过程中违反了这些程序，那么其行为可能被视为不合法。
- 在房屋已经灭失的情况下，政府要求当事人确权，必须提供充分的证据证明房屋灭失的原因、过程以及政府在此过程中的角色和责任。如果政府无法提供这些证据，或者证据不足以支持其主张，那么房屋灭失可能被视为不合法。
当事人合法权益的保护：
- 无论政府的行为是否合法，都必须保护当事人的合法权益。如果房屋灭失导致当事人遭受了损失，政府应当承担相应的赔偿责任。这包括房屋的价值损失、因房屋灭失导致的其他直接损失等。
- 当事人有权对政府的行为提出异议，并通过法律途径维护自己的权益。如果当事人认为政府的行为侵犯了其合法权益，可以向法院提起行政诉讼，要求法院确认政府行为的违法性，并赔偿相应的损失。
建议：
- 收集证据：当事人应当尽快收集与房屋灭失相关的所有证据，包括房屋的照片、视频、购买合同、产权证明等，以及政府行为的通知、决定等文件。
- 咨询律师：当事人可以咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律途径。律师可以根据当事人的具体情况，提供针对性的法律建议和帮助。
- 提起诉讼：如果当事人认为政府的行为侵犯了其合法权益，可以向法院提起行政诉讼，要求法院确认政府行为的违法性，并赔偿相应的损失。在诉讼过程中，当事人需要积极配合律师的工作，提供必要的证据和材料。
可能后果：
- 如果法院最终确认政府的行为违法，并判决政府赔偿当事人的损失，那么当事人将获得相应的经济赔偿。
- 如果法院认为政府的行为合法且程序正当，那么当事人可能需要接受房屋灭失的事实，并考虑其他途径来维护自己的权益，比如与政府协商补偿等。