公证收到赔偿款后，应按照以下步骤处理以确保合法合规并保障自身权益：

1. 确认赔偿款性质与来源
   首先需明确赔偿款的法律性质（如侵权赔偿、合同违约赔偿等）及支付主体（个人、企业或保险公司）。若涉及多方责任，需核对赔偿款是否已涵盖全部应得份额，避免后续纠纷。例如，在交通事故中，若保险公司已赔付，需确认是否包含医疗费、误工费等全部项目。

2. 核对公证文件内容
   审查公证文书（如赔偿协议、执行裁定书等）中载明的金额、支付方式、支付期限等条款是否与实际收到的款项一致。若存在差异（如金额短缺、支付方式不符），需立即联系支付方或公证机构核实，并保留书面沟通记录。

3. 履行税务申报义务
   根据《个人所得税法》及相关规定，赔偿款是否需纳税取决于其性质：

   • 免税情形：如因人身伤害获得的医疗费、生活补助费等，通常免征个人所得税；
     
   • 应税情形：若赔偿款包含利息、违约金或财产损失补偿（如房屋拆迁补偿中超出原价值的部分），可能需按“偶然所得”或“财产转让所得”缴纳税款。
     建议咨询税务机关或提供具体赔偿类型，我可进一步分析税务处理方案。

4. 妥善保管资金与凭证

   • 专户管理：建议将赔偿款存入专用银行账户，避免与日常资金混同，便于后续追踪使用；
     
   • 留存证据：保存银行转账记录、公证文书原件、沟通记录等材料，以备未来可能出现的争议（如支付方主张反悔、其他债权人追索等）。

5. 合规使用赔偿款
   若赔偿款用于特定目的（如医疗、修复财产等），需按约定用途使用并留存支出凭证。例如，在工伤赔偿中，若协议约定部分款项用于后续治疗，则需保留医疗发票以证明合规性。

6. 防范法律风险

   • 执行风险：若赔偿款通过法院强制执行获得，需确认执行程序是否终结，避免支付方通过申诉或破产程序影响款项效力；
     
   • 第三方主张权利：如赔偿款涉及共同财产（如夫妻共同财产分割），需确保分配方案符合法律规定，否则可能面临其他共有人追索。

如有以下情况，建议进一步咨询：

• 赔偿款性质复杂（如涉及股权、知识产权等非货币赔偿）；
  
• 支付方提出附加条件（如分期支付、保密条款等）；
  
• 存在多个权利人（如继承纠纷中的赔偿款分配）。
  

可直接向我提供具体细节，我将结合案情制定处理方案。