在事故车辆推定全损的情况下，保险公司扣除残值赔付时，与拍卖公司签订协议的主体通常是保险公司，而非被保险人（车主），但具体流程需结合保险合同条款和实务操作综合判断。以下从法律关系和实务操作两个角度展开说明：
1. 法律关系角度：保险公司是残值处置的权利义务主体
根据《保险法》第五十九条，保险事故发生后，保险人（保险公司）支付全部保险金额（即推定全损赔付）的，受损保险标的（事故车辆）的全部权利归于保险人。这意味着：
- 残值所有权转移：保险公司赔付全损后，车辆残值（如可回收的零部件、金属等）的物权自动转移至保险公司，保险公司有权自行处置残值（包括委托拍卖）。
- 协议签订主体：因残值所有权归保险公司，与拍卖公司签订委托拍卖协议的主体应为保险公司，而非被保险人。被保险人仅需配合办理车辆过户、交付等手续，无需直接参与残值处置协议的签订。
2. 实务操作角度：需以保险合同条款为准
尽管法律明确残值归属保险公司，但实务中可能因保险合同条款差异产生不同操作：
- 条款明确约定：若保险合同中明确约定“保险公司赔付全损后，残值由保险公司委托拍卖公司处置，被保险人需签署相关文件配合”，则被保险人需按合同履行配合义务（如签署《残值处置授权书》），但协议主体仍为保险公司与拍卖公司。
- 条款未明确约定：若合同未约定残值处置方式，保险公司可能要求被保险人签署《残值转让协议》或《拍卖委托协议》，将残值权利临时转移至保险公司名下后再委托拍卖。此时被保险人虽需签署文件，但协议法律效果仍归属于保险公司与拍卖公司。
3. 特殊情形：被保险人自行处置残值
若被保险人希望自行保留残值（如修复车辆继续使用），需与保险公司协商并满足以下条件：
- 扣除残值金额：保险公司赔付时需扣除车辆残值对应的金额（即赔付金额=保险金额-残值估值）。
- 协议签订主体：此时被保险人作为残值所有权人，可能需直接与拍卖公司签订协议（如委托拍卖修复后的车辆），但需提前告知保险公司并取得同意，避免后续纠纷。
总结建议
- 核查保险合同：优先查看保险合同中关于“全损赔付”“残值处置”的条款，明确权利义务分配。
- 与保险公司沟通：若对残值处置流程有疑问，可直接要求保险公司出具书面处置方案，并确认是否需要签署文件。
- 保留证据：无论是否签署协议，均需留存保险公司出具的赔付计算书、残值估值报告等文件，以备后续维权。
如需进一步分析具体合同条款或处置流程，可提供详细信息后为您深入解答。