结论：在合同纠纷中，针对同一被告、同一合同但因不同违约行为和性质分阶段起诉，通常不构成一事不再理，但需满足一定条件。以下从不同角度详细分析：

一、一事不再理原则的基本含义

一事不再理原则，是指对已经发生法律效力的判决、裁定的案件，除法律另有规定外，不得就同一事实再行起诉和受理。这一原则旨在维护司法裁判的既判力和权威性，避免重复诉讼和矛盾判决。

二、分阶段起诉是否构成一事不再理的关键因素

1. 诉讼标的的同一性：

   • 分析：一事不再理的核心在于诉讼标的的同一性。如果分阶段起诉的案件，虽然基于同一合同，但针对的是不同的违约行为和性质，且这些违约行为导致的法律后果（如损害赔偿、违约金等）是独立的，那么诉讼标的就不具有同一性。
   • 例子：如合同中约定了多个义务条款，一方未履行其中一项义务构成第一次违约，后续又未履行另一项义务构成第二次违约。两次违约行为独立，分别起诉不构成一事不再理。

2. 诉讼请求的独立性：

   • 分析：即使基于同一合同，如果每次起诉的诉讼请求是独立的，即每次起诉都旨在解决不同的法律问题或获得不同的法律救济，那么也不构成一事不再理。
   • 例子：第一次起诉要求支付违约金，第二次起诉要求赔偿实际损失，且两次损失的计算依据和范围不同，那么两次起诉的诉讼请求就是独立的。

3. 法律关系的复杂性：

   • 分析：在复杂的合同关系中，可能存在多个法律关系或法律事实。如果分阶段起诉的案件涉及不同的法律关系或法律事实，那么也不构成一事不再理。
   • 例子：合同中既包含了买卖关系，又包含了担保关系。一方就买卖关系中的违约行为起诉后，又就担保关系中的违约行为起诉，由于涉及不同的法律关系，因此不构成一事不再理。

三、需注意的例外情况

• 重复起诉的禁止：虽然分阶段起诉通常不构成一事不再理，但如果后诉的诉讼请求实质上否定了前诉的裁判结果，或者后诉的诉讼请求被前诉裁判所包含，那么就可能构成重复起诉，违反一事不再理原则。
• 诉讼时效的限制：分阶段起诉还需注意诉讼时效的问题。如果后诉的起诉时间超过了法律规定的诉讼时效期间，那么即使不构成一事不再理，也可能因诉讼时效届满而丧失胜诉权。

四、法律建议

• 明确诉讼请求：在分阶段起诉时，应明确每次起诉的诉讼请求和事实依据，确保每次起诉都是独立的、有针对性的。
• 注意诉讼时效：及时关注诉讼时效的问题，确保在后诉的起诉时间内提出诉讼请求。
• 咨询专业律师：在涉及复杂的合同纠纷和分阶段起诉时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

总结：在合同纠纷中，针对同一被告、同一合同但因不同违约行为和性质分阶段起诉，通常不构成一事不再理。但需注意诉讼标的的同一性、诉讼请求的独立性以及法律关系的复杂性等因素，并遵守诉讼时效的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。