结论：工程施工中甲方停工多年，合同履约保证金能否退回，需根据合同约定、停工原因、双方过错程度及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、合同约定优先

1. 合同有明确约定
   若施工合同中明确约定了“因甲方原因导致停工超过一定期限（如6个月或1年），乙方有权要求退还保证金”，则可直接依据合同主张权利。此时，甲方无正当理由拒绝退还的，乙方可通过诉讼或仲裁要求返还，并可能主张利息或违约金。

2. 合同无明确约定
   若合同未约定停工情形下的保证金处理方式，则需结合法律规定和实际情况判断。

二、停工原因与过错划分

1. 甲方原因导致停工

   • 若停工系因甲方未按时支付工程款、未提供施工条件、设计变更等甲方违约行为导致，且停工持续多年，乙方有权要求解除合同并退还保证金。
     
   • 法律依据：根据《民法典》第五百六十三条，因一方违约导致合同目的无法实现，另一方可解除合同；第五百六十六条，合同解除后，尚未履行的终止履行，已履行的可请求恢复原状或赔偿损失。保证金属于“已履行”部分，应退还。

2. 不可抗力或第三方原因

   • 若停工系因不可抗力（如自然灾害、政策调整）或第三方原因（如政府拆迁、相邻权纠纷）导致，需根据合同约定或公平原则处理。
     
   • 处理方式：若合同未约定，双方可协商延长工期、分担损失；若协商不成，乙方可能需证明停工非自身原因，并主张退还保证金或部分退还。

3. 乙方原因导致停工

   • 若停工系因乙方施工质量问题、擅自停工等乙方违约行为导致，甲方有权依据合同扣除保证金或要求赔偿，此时保证金可能不予退还。

三、保证金性质与法律适用

1. 履约保证金的性质
   履约保证金通常为担保合同履行而缴纳，若合同已因停工无法继续履行，且非乙方过错，保证金应退还。

   • 例外情形：若保证金已转化为违约金或赔偿款（如合同约定“停工超过一定期限，保证金不予退还”），则需按约定处理。

2. 诉讼时效问题

   • 若停工多年，需注意诉讼时效。根据《民法典》第一百八十八条，诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算。
     
   • 建议：若停工后乙方曾催告甲方退还保证金或协商处理，诉讼时效可能中断并重新计算；若未催告，需尽快主张权利，避免超过时效。

四、实务建议

1. 收集证据

   • 保存施工合同、保证金缴纳凭证、停工通知、沟通记录（如邮件、微信）等证据，证明停工原因、期限及双方过错。

2. 协商优先

   • 尝试与甲方协商退还保证金，可提出分期退还、扣除合理费用后退还等方案，降低诉讼成本。

3. 法律途径

   • 若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁，主张退还保证金及利息。起诉时需明确诉讼请求（如退还金额、利息计算方式）并附证据。

总结：能否退还保证金需结合合同约定、停工原因及过错划分综合判断。若因甲方原因停工且合同无相反约定，乙方有权要求退还；若因不可抗力或第三方原因，需协商处理；若因乙方原因，可能不予退还。建议尽快收集证据并咨询专业律师，制定具体方案。