事业单位员工请病假6个月，绩效工资的扣除需结合单位规章制度、劳动合同及地方性规定综合判断，具体分以下情况分析：

1. 单位规章制度是核心依据

根据《事业单位人事管理条例》第三十二条，事业单位可依法制定内部绩效考核及薪酬分配制度。若单位规章制度明确规定“病假超过X个月扣除绩效工资”，且该制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）、已公示或告知员工，则扣除行为可能合法。
关键点：需核查制度是否明确病假与绩效工资的挂钩规则（如扣除比例、计算方式），以及是否向员工履行告知义务。

2. 劳动合同的约定优先适用

若劳动合同中明确约定“病假期间绩效工资按X比例发放”，则单位应按合同执行。若合同未约定，则需参考单位规章制度；若两者冲突，通常以劳动合同为准（但需排除单位恶意规避法定义务的情形）。
示例：合同约定“病假3个月内绩效工资全发，超过3个月发50%”，则单位扣除50%合法；若合同无约定但制度规定“病假即扣100%绩效”，则可能因未协商一致而违法。

3. 地方性规定可能限制扣除比例

部分地区对病假工资有最低保障标准（如不低于当地最低工资的80%），但绩效工资是否纳入保障范围需结合地方政策。例如：

• 上海：病假工资基数包含岗位工资、薪级工资等固定部分，绩效工资若属浮动部分可能不受最低标准限制；
  
• 北京：若绩效工资占工资总额比例较高，可能被认定为“工资性收入”，单位不得随意扣除。
  建议：查询所在省份《工资支付规定》或咨询当地人社部门。

4. 病假时长与医疗期的关系

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，事业单位员工医疗期一般为3-24个月（依工龄而定）。若6个月病假未超过医疗期，单位原则上不得解除合同，但绩效工资扣除仍需符合前述规则；若超过医疗期，单位可依法解除合同，但需支付经济补偿，绩效工资问题仍按内部规定处理。

操作建议

1. 核查依据：要求单位出示扣除绩效工资的制度依据及劳动合同条款；
   
2. 计算合法性：对比扣除后的实发工资是否低于当地最低工资标准（若适用）；
   
3. 协商或投诉：若认为扣除违法，可先与单位协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   

提示：绩效工资扣除需同时满足“制度合法”“合同约定”“地方允许”三重条件，缺一则可能构成违法。如有具体制度条款或地方政策疑问，可进一步提供信息，我将结合细节分析。