关于“非法交通工具怎么处罚”的问题，这实际上涉及两个不同的法律概念：一是破坏交通工具的犯罪行为，二是非法营运的交通违法行为。我将分别就这两个方面进行详细解答。
一、破坏交通工具的犯罪行为及处罚
破坏交通工具罪是一种严重危害公共安全的犯罪行为。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定：
尚未造成严重后果：如果破坏行为足以使火车、汽车、电车、船只、航空器等交通工具发生倾覆、毁坏危险，但尚未造成实际严重后果的，将处三年以上十年以下有期徒刑。
造成严重后果：若破坏行为导致交通工具倾覆、毁坏，或者造成人员伤亡、重大财产损失等严重后果的，将处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑。
过失犯罪：对于因过失行为导致交通工具受损的，将处三年以上七年以下有期徒刑；情节较轻的，则处三年以下有期徒刑或者拘役。
在量刑过程中，法官会综合考虑破坏行为的危险状态、犯罪后果、犯罪性质与手段、主观恶性与犯罪动机、认罪态度与悔罪表现以及前科情况等因素。
二、非法营运的交通违法行为及处罚
非法营运是指未依法取得营运权而擅自从事道路运输经营的行为。根据《中华人民共和国道路运输条例》及相关地方性法规，非法营运将受到以下处罚：
责令停止经营：县级以上道路运输管理机构有权责令非法营运者立即停止经营行为。
没收违法所得：对于非法营运中获得的收入，将全部予以没收。
罚款：
追究刑事责任：若非法营运行为构成犯罪，如涉及严重扰乱市场秩序、危及公共安全等情形，将依法追究刑事责任。
此外，非法营运还可能涉及特定情境下的处罚，如道路旅客运输站（场）非法经营、机动车维修经营不符合标准以及未备案的道路货物运输站（场）经营及驾驶员培训业务等。
总结与建议
破坏交通工具和非法营运都是严重的交通违法行为，前者危害公共安全，后者扰乱市场秩序并侵犯乘客权益。对于破坏交通工具的行为，法律将予以严厉的刑事处罚；对于非法营运的行为，则将采取责令停止经营、没收违法所得、罚款以及追究刑事责任等措施。
我建议从事道路运输经营活动的单位和个人应严格遵守相关法律法规，确保合法合规经营。同时，乘客也应提高警惕，选择合法合规的营运车辆出行，以保障自身安全和合法权益。对于发现的非法营运行为，应及时向相关部门举报，共同维护道路运输市场的良好秩序。