在自家楼顶设置闪烁红灯是否违法，需视具体情况而定，主要取决于红灯的设置是否符合相关法律法规的规定以及是否对他人造成干扰或影响公共安全。以下从不同角度进行分析：
一、符合法律法规及安全标准的情况
航空警示灯：
- 如果楼顶的红灯是作为航空警示灯（如高楼、烟囱等障碍物上的警示灯），且符合《中华人民共和国民用航空法》及相关航空安全标准的规定，那么这种设置是合法的。
- 航空警示灯的设置是为了保障飞行安全，防止飞机等航空器与障碍物发生碰撞，因此其设置是受到法律保护的。
特定用途的合法照明：
- 如果红灯是作为特定用途的合法照明设备（如夜间作业的照明灯），且符合相关照明标准，没有对他人造成干扰或影响公共安全，那么这种设置也是合法的。
二、违反法律法规或造成干扰的情况
违反城市照明管理规定：
- 如果楼顶的红灯设置违反了当地城市照明管理规定，如亮度过高、闪烁频率过快等，可能对周围居民造成光污染或干扰，那么这种设置可能是违法的。
- 城市照明管理规定通常旨在保护城市环境和居民的生活质量，因此违反这些规定可能会受到相应的处罚。
影响公共安全：
- 如果红灯的设置对公共安全造成了影响，如干扰交通信号灯、误导驾驶员等，那么这种设置也是违法的。
- 公共安全是法律保护的重要利益之一，任何可能危害公共安全的行为都可能受到法律的制裁。
未经批准擅自设置：
- 在某些情况下，即使红灯的设置本身不违反具体规定，但如果未经相关部门批准擅自设置，也可能构成违法行为。
- 例如，一些地区可能要求对楼顶照明设备进行审批或备案，未经批准擅自设置可能面临处罚。
三、法律建议
了解当地规定：
- 在设置楼顶红灯之前，建议先了解当地的城市照明管理规定、航空安全标准等相关法律法规，确保设置符合规定。
咨询相关部门：
- 如果对相关规定不了解或存在疑问，可以咨询当地的城市管理部门、航空管理部门等相关部门，获取专业的指导和建议。
考虑他人利益：
- 在设置楼顶红灯时，应充分考虑周围居民的利益和感受，避免对他人造成干扰或影响公共安全。
如果您在自家楼顶设置闪烁红灯时遇到了法律问题或纠纷，或者对相关规定存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。