当个人非法占用了村集体土地时，这是一个涉及集体权益和法律责任的问题，需要采取一系列综合措施来妥善处理。以下是我为您提供的详细处理步骤和建议：
一、明确占用行为的性质
首先，要确认该占用行为是否经过合法审批，是否违反了土地管理法规。如果未经合法审批或违反了相关法规，那么该占用行为就是非法的，村集体有权采取措施维护自身权益。
二、尝试友好协商
- 沟通协商：村集体应派出代表与占用者进行友好沟通，明确指出其非法占用土地的行为，并要求其停止占用、恢复土地原状。
- 签订协议：如果双方能够达成一致，可以签订书面协议，明确归还土地的时间、赔偿方式等具体条款，以确保协议的履行。
三、寻求基层调解
如果协商无果，村集体可以向当地村委会、乡镇人民政府等机构申请调解。这些机构可以依据法律法规和政策，对双方进行调解，促成和解。
四、采取行政手段
- 向相关部门举报：村集体可以向县级以上人民政府自然资源主管部门或乡镇人民政府举报非法占用土地的行为。举报时，应详细说明占用情况，包括时间、地点、面积、方式及对集体的损害，并附上相关证据，如土地权属证明、现场照片等。
- 接受调查处理：相关部门将调查核实情况，并根据调查结果依法作出处理决定，如责令改正、退还土地、罚款等。
五、运用司法手段
- 提起民事诉讼：如果协商、调解和行政处理均无效，村集体可以向人民法院提起民事诉讼，要求占用者停止侵权、返还土地并赔偿损失。在诉讼过程中，村集体需要提交充分的证据来支持自己的主张。
- 追究刑事责任：如果占用行为情节严重，构成犯罪（如非法占用农用地罪），村集体应及时向公安机关报案，依法追究占用者的刑事责任。
六、考虑仲裁途径
如果当事人不愿协商、调解或协商、调解不成，村集体还可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，以解决土地纠纷。
七、加强土地管理
为了防止类似问题再次发生，村集体应加强土地管理，建立健全的管理制度，定期巡查土地，及时发现并制止私占土地行为。
注意事项
- 依法维权：在整个处理过程中，村集体应严格遵守法律法规，确保自身行为的合法性。
- 及时行动：一旦发现土地被占用，村集体应立即采取行动，避免损失扩大。
- 证据收集：村集体应重视证据的收集和留存，包括土地权属证明、占用行为的照片或视频等，以便在需要时提供有力的支持。
综上所述，处理个人非法占用村集体土地的问题需要综合运用多种手段，从协商到法律途径，再到加强管理，以确保村集体的合法权益得到有效保护。希望这些建议能对您有所帮助。