针对您提出的小区实行自管但部分业主仍然不缴费的问题，这是一个涉及小区自治管理和业主权益的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，当小区决定实行自治管理，并经业主大会表决同意授权业主委员会进行管理时，业主委员会就承担起了管理和维护小区公共事务的责任。这包括收取物业管理费以用于小区的公共区域卫生、电费、电梯维护、水费等管理和维护工作。

一、业主委员会的收费权利

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，业主可以自行管理建筑物及其附属设施，也可以委托物业服务企业或其他管理人管理。在小区实行自治管理的情况下，业主委员会作为全体业主实施自治性管理的组织，具有自行管理物业的权利，并有权向业主收取物业管理费等费用。这一权利是基于业主大会的授权和全体业主的共同意愿与利益。

二、部分业主不缴费的处理方式

1. 沟通协商：

   • 业主委员会应首先尝试与不缴费的业主进行沟通协商，了解其不缴费的具体原因。
   • 如果是由于对自治管理或收费标准有疑问或不满，业主委员会应耐心解释相关政策和规定，争取业主的理解和支持。

2. 发出书面催缴通知：

   • 如果沟通协商无果，业主委员会应向不缴费的业主发出书面催缴通知，明确缴费期限和金额，并告知逾期不缴费将可能面临的法律后果。

3. 寻求法律途径：

   • 如果业主在收到催缴通知后仍然不缴费，业主委员会可以考虑通过法律途径来解决问题。
   • 根据《物业管理条例》的相关规定，业主委员会可以督促业主限期交纳物业费；逾期仍不交纳的，业主委员会或受委托的物业服务企业可以向人民法院起诉。
   • 在实际案例中，已有法院判决支持业主委员会向拒缴物业费的业主追缴欠费的先例。

三、注意事项

1. 保留证据：

   • 业主委员会在处理不缴费问题时，应保留好所有相关的沟通记录、催缴通知、缴费凭证等证据，以备在需要时提供给法院或相关部门。

2. 合法合规：

   • 业主委员会在收取物业管理费时，应确保收费标准合理、透明，并符合相关法律法规的规定。
   • 同时，业主委员会应建立健全的财务管理制度，确保收取的物业费用于小区的公共管理和维护工作。

3. 增强业主参与意识：

   • 业主委员会可以通过组织业主大会、开展宣传活动等方式，增强业主的参与意识和责任感，提高业主对自治管理的认同感和支持度。

综上所述，当小区实行自治管理但部分业主仍然不缴费时，业主委员会应通过沟通协商、发出书面催缴通知、寻求法律途径等方式来解决问题。同时，业主委员会也应保留好相关证据、确保合法合规收费，并增强业主的参与意识。希望这些建议能对您有所帮助。