未竣工的商业建筑，施工单位一般不可以自行将其用作临时办公场所，但存在例外情况。具体分析如下：

1. 从建筑安全角度：未竣工的商业建筑往往存在诸多安全隐患，如结构尚未完全稳定、消防设施未完备、电气线路可能存在漏电风险等。根据《中华人民共和国建筑法》及相关安全生产法规，施工单位有责任确保施工现场的安全，防止因施工活动或非施工活动导致的安全事故。若施工单位擅自将未竣工建筑用作临时办公，可能因建筑本身的安全问题而危及办公人员的人身安全，同时也可能面临法律责任。

2. 从规划许可角度：商业建筑的用途通常在其规划许可中明确界定。若规划许可中未允许该建筑在未竣工前作为办公场所使用，那么施工单位擅自改变用途可能构成违规。这不仅可能面临规划部门的处罚，还可能影响后续的竣工验收和产权办理。

3. 从合同角度：如果施工单位与建设单位（即商业建筑的业主）之间的施工合同中明确规定了施工现场的使用范围和限制，施工单位应严格遵守。擅自将未竣工建筑用作临时办公可能违反合同约定，导致违约责任。

4. 例外情况：在某些特殊情况下，如因施工需要必须设置临时办公场所，且该场所的设置不会对建筑安全、规划许可和合同约定造成实质性影响，施工单位可能可以与建设单位协商并获得相关部门的批准后，在未竣工建筑内设置临时办公区域。但这种情况需要严格的审批程序和安全保障措施。

建议：施工单位在考虑将未竣工商业建筑用作临时办公场所前，应充分评估安全风险、规划许可和合同约定等因素，并咨询相关部门或专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。