在工程中途被清退且存在履约保函的情况下，履约保函的处理方式需结合合同约定、清退原因及保函条款综合判断，通常分为以下两种情形：

1. 若清退属于发包方违约（如无正当理由清退）

• 保函索赔权受限：根据《民法典》第788条及《招标投标法》相关规定，发包方无正当理由终止合同，承包方有权要求其返还保函或阻止银行兑付。此时需重点审查保函条款中是否约定“因发包方违约导致合同终止时，保函自动失效”。
• 操作建议：
  1. 立即书面通知银行：要求暂停支付保函项下款项，并附上清退通知、合同终止证明等材料；
  2. 向发包方发函：主张其违约行为并要求返还保函原件或解除保函担保责任；
  3. 保留证据：保存清退通知、会议纪要、往来函件等，为后续索赔或诉讼做准备。

2. 若清退属于承包方违约（如工期延误、质量不达标等）

• 发包方有权兑付保函：根据《建设工程施工合同（示范文本）》（GF-2017-0201）第15.2条，若承包方违约导致合同解除，发包方可按保函约定向银行主张权利，最高不超过合同价款的10%。
• 操作建议：
  1. 核查保函金额：确认发包方索赔金额是否超过保函限额，若超限可提出异议；
  2. 协商减损：与发包方协商通过补救措施（如修复工程、支付违约金）替代保函兑付；
  3. 主张保函失效情形：若保函约定“有效期至工程竣工验收合格”，而工程未完工即被清退，可主张保函已失效。

⚠️ 关键风险提示

• 保函独立性原则：银行仅审核单据与保函表面相符性，不审查基础合同纠纷。即使承包方对清退有异议，银行仍可能兑付，需通过诉讼确认责任后再向发包方追偿。
• 时效限制：根据《最高人民法院关于审理独立保函纠纷案件若干问题的规定》，承包方需在收到兑付通知后30日内提起诉讼，否则银行支付后责任免除。

建议行动步骤：

1. 立即联系保函开具银行，了解当前索赔状态；
   
2. 委托律师审查合同、保函及清退文件，评估责任归属；
   
3. 根据评估结果选择协商、仲裁或诉讼途径解决争议。
   

如有进一步材料或具体条款需要分析，可直接向我提供，我会结合细节为您制定应对方案。