结论：残联自身登记违规操作，一般不能直接免除重新鉴定的程序，是否需要重新鉴定需根据具体情况判断。以下分情况详细说明：

1. 违规操作与鉴定结论的关联性
   若残联的违规操作直接影响鉴定结论的合法性或准确性（例如：未依法组织鉴定、鉴定程序存在重大瑕疵、鉴定人员无资质等），则原鉴定结论可能被认定为无效。此时，当事人有权要求重新鉴定，且残联应依法配合。例如，根据《司法鉴定程序通则》第三十一条，若鉴定程序违法，司法鉴定机构应当退还鉴定费用并重新鉴定。

2. 违规操作未影响鉴定实质内容
   若违规操作属于程序性瑕疵（例如：登记材料填写错误但未影响鉴定过程），且鉴定结论本身符合法定标准（如鉴定方法科学、依据充分），则可能无需重新鉴定。但当事人仍可要求残联纠正登记错误，并保留对违规行为的行政投诉或诉讼权利。

3. 行政监督与救济途径
   根据《残疾人保障法》第六十三条，残联的违规行为可由上级残联或民政部门责令改正。若当事人认为残联登记行为侵犯其权益，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销违规登记并重新鉴定。例如，若残联拒绝出具合法鉴定结论导致当事人无法享受残疾待遇，可通过法律途径主张权益。

建议行动步骤：

• 收集残联违规操作的证据（如登记记录、鉴定报告、沟通记录等）；
  
• 向当地残联或上级主管部门提出书面异议，要求纠正违规行为；
  
• 若问题未解决，可咨询律师通过行政复议或诉讼程序主张权利。
  

如有进一步细节或需要具体操作指导，可直接向我咨询。