法院拍卖全款购买协议商住房的法律依据主要来源于《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释中关于执行程序的规定，以及《中华人民共和国民法典》中关于物权变动和合同效力的规定。以下从不同角度为您详细分析：
一、执行程序中的拍卖规定
拍卖启动：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当债务人未履行生效法律文书确定的义务时，债权人可以向法院申请强制执行。法院在执行过程中，有权对债务人的财产进行查封、扣押、冻结，并在必要时进行拍卖。
- 如果商住房是债务人的财产，且被法院查封后，债权人申请拍卖该房产以清偿债务，法院将依法启动拍卖程序。
拍卖程序：
- 法院拍卖房产需遵循严格的程序，包括发布拍卖公告、确定拍卖保留价、组织竞买人报名、进行拍卖等。
- 竞买人需按照拍卖公告的要求，在规定时间内缴纳保证金并参与竞拍。
- 拍卖成交后，买受人需在规定时间内支付全款，并办理房产过户手续。
二、物权变动与合同效力
物权变动：
- 根据《中华人民共和国民法典》的规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
- 在法院拍卖中，买受人支付全款并办理过户手续后，即取得该商住房的所有权。
合同效力：
- 买受人与法院（或法院指定的拍卖机构）之间签订的拍卖成交确认书，具有合同效力。该确认书明确了双方的权利义务，包括买受人支付全款、法院交付房产等。
- 如果买受人未按照确认书的要求支付全款，法院有权取消拍卖成交，并可能追究买受人的违约责任。
三、实际操作中的注意事项
全款支付：
- 在法院拍卖中，买受人通常需要一次性支付全款。这与普通的房屋买卖合同可能有所不同，后者可能允许分期付款或贷款支付。
- 买受人需确保在规定时间内支付全款，否则可能面临拍卖成交被取消的风险。
房产过户：
- 拍卖成交后，买受人需及时与法院或相关机构联系，办理房产过户手续。过户过程中可能涉及税费缴纳、产权证书办理等事项。
- 买受人应了解并遵守相关法律法规和政策规定，确保过户手续的顺利进行。
风险防范：
- 在参与法院拍卖前，买受人应充分了解房产的实际情况，包括产权状况、是否存在纠纷等。
- 买受人可以委托专业律师或拍卖机构进行尽职调查，以降低购买风险。
总结与建议：
法院拍卖全款购买协议商住房的法律依据主要来源于民事诉讼法及相关司法解释中关于执行程序的规定，以及民法典中关于物权变动和合同效力的规定。在实际操作中，买受人需确保在规定时间内支付全款并办理过户手续，同时注意风险防范。如果您在参与法院拍卖过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我咨询。